Computational Staff Scientist - shared between 2 labs - in spatial and single cell omics

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Kom och bli en del av Andersson- och Kragesteen-grupperna vid Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik (MBB) på Karolinska Institutet i Biomedicum. Tillsammans utforskar vi de molekylära mekanismer som styr organutveckling och syrehomeostas, centrala processer för människors hälsa. Hos oss får du tillgång till forskningsinfrastruktur i världsklass, en inspirerande och internationell forskningsmiljö samt möjlighet att arbeta i Stockholm, med närhet till både stadsliv och natur.

Andersson-Rolf-gruppens vision är att omsätta kunskap om utvecklingsbiologi för att främja regeneration och förebygga sjukdom senare i livet. Gruppen kombinerar organoidmodeller från mänsklig foster- och vuxenvävnad från bukspottkörtel och magsäck med avancerade metoder inom (spatial) omik, genomik och bioingenjörsvetenskap. Målet är att kartlägga utvecklingens biologiska "ritning" genom studier av komplex primärvävnad och använda denna kunskap för att återskapa och modellera organutveckling in vitro.

Kragesteen-gruppens övergripande mål är att identifiera de genetiska mekanismer som reglerar syrehomeostas. Gruppen använder musmodeller för hypoxi, mänsklig fostervävnad och njur-organoider för att kartlägga och manipulera cellernas syresensoriska signalvägar, med särskilt fokus på reglering av erytropoes och människans evolutionära anpassning till syrefattiga miljöer på hög höjd.
Din roll
Vi söker en mycket motiverad och engagerad kandidat med ett starkt intresse för biologiska frågeställningar inom utvecklingsbiologi och genomreglering, samt erfarenhet av beräkningsbaserad analys av spatial transkriptomik, singelcellsomik och integrering av komplexa biologiska datamängder. Den framgångsrika kandidaten kommer att arbeta i nära samarbete med de två gruppledarna, doktorander och andra forskare, och bidra till att utveckla en välfungerande och samarbetsinriktad forskningsmiljö med fokus på datahantering och dataanalys.
Arbetsuppgifter
Arbetsuppgifterna omfattar bland annat:

• Bearbetning och analys av data från spatial transkriptomik (Xenium 5K och Visium HD).
• Bearbetning och analys av singelcellsomikdata, inklusive RNA-sekvensering, ATAC-sekvensering och CUT&Tag/CUT&Run.
• Integrering, analys och biologisk tolkning av multidimensionella datamängder.
• Noggrann dokumentation av analyser samt utveckling och underhåll av reproducerbara analysarbetsflöden.
• Ansvar för och vidareutveckling av den beräkningsmässiga infrastrukturen, inklusive analysverktyg och pipelines.
• Handledning och stöd till studenter och forskare i analys och tolkning av deras egna data.

Denna tjänst erbjuder en unik möjlighet att arbeta i gränslandet mellan utvecklingsbiologi, genomik och beräkningsbiologi i en internationell och tvärvetenskaplig forskningsmiljö.
Vem är du?
Vi välkomnar ansökningar från kandidater med doktorsexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller annat närliggande område. Den framgångsrika kandidaten är en nyfiken, motiverad och engagerad forskare med god samarbetsförmåga, god organisationsförmåga och stark kommunikativ kompetens. Du trivs med att arbeta tillsammans med andra, handleda studenter och tar ansvar för att leverera arbete av hög kvalitet.
Krav
För anställningen krävs:

• Dokumenterad expertis inom beräkningsbiologi och analys av biologiska data, exempelvis med hjälp av R och Python.
• Erfarenhet av arbete i Unix-/Linuxmiljö samt användning av Bash.
• Erfarenhet av att utveckla, organisera och dokumentera analyskod och arbetsflöden, exempelvis med GitHub och Nextflow.
• Förmåga och intresse att utvärdera och implementera nya metoder och analysverktyg.
• Erfarenhet av analys av spatial transkriptomikdata (t.ex. Xenium, Visium eller liknande plattformar) samt integrering av singelcellsomikdata.
• Erfarenhet av analys av singelcellsomikdata.
• Intresse för de biologiska och vetenskapliga frågeställningar som forskargrupperna arbetar med.
• Mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift, samt god kommunikativ förmåga.

Meriterande kvalifikationer
Följande erfarenheter är meriterande men inte ett krav:

• Erfarenhet av artificiell intelligens och maskininlärningsmetoder.
• Erfarenhet av spatial proteomik.
• Erfarenhet av analyser av alternativ splitsning (splicing).

Den utvalda kandidaten förväntas kunna fungera väl i en internationell och tvärvetenskaplig forskningsmiljö. Stor vikt kommer därför att läggas vid personliga egenskaper och personlig lämplighet.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna, Biomedicum
För mer information om forskargrupperna och verksamheten, vänligen besök:

• Kragesteen-gruppen
• Andersson-Rolf-gruppen
• Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik
• Enheten för Medicinska systems bioteknik

Ansökan
KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T.

Ansökan ska innehålla följande handlingar på engelska:

• Ett fullständigt curriculum vitae (CV), inklusive datum för disputation, avhandlingens titel, tidigare akademiska anställningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt uppdrag i kommittéer och nämnder.
• En fullständig publikationslista.
• En sammanfattning av pågående forskning/verksamhet (högst en sida).
• Ett kort motivationsbrev (på engelska och högst en sida).

Välkommen med din ansökan senast den 15 september 2026.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss