Professor i beräkningsbiologi

-med inriktning mot forskning

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?


Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik (MBB) är en av Karolinska Institutets större prekliniska institutioner, med en bred och framstående forskningsverksamhet inom flera vetenskapliga områden.

Institutionen har en stark tradition av metodologisk innovation och en samarbetsinriktad kultur mellan experimentella och kvantitativa forskargrupper, som är verksamma i den toppmoderna forskningsbyggnaden Biomedicum på campus Solna. Där samlokaliseras flera prekliniska institutioner under samma tak i en miljö som är särskilt utformad för att främja tvärvetenskapligt samarbete.

Från Biomedicum har MBB:s forskare direkt tillgång till SciLifeLab-ekosystemet på samma campus - inklusive nationell infrastruktur för genomik, singelcell- och spatial biologi, avancerad ljus- och elektronmikroskopi, masspektrometri, strukturbiologi samt högpresterande och AI-baserad beräkning - liksom till Karolinska universitetssjukhuset, ett av de högst rankade universitetssjukhusen i Europa. Sjukhuset ligger i nära anslutning till Biomedicum och erbjuder goda möjligheter till translationellt samarbete med kliniska forskare, biobanker och patientkohorter.

MBB inleder nu en strategisk expansion inom beräknings- och kvantitativa livsvetenskaper och etablerar en ny avdelning för beräkningsbiologi. Avdelningen ska verka parallellt med och komplettera institutionens befintliga profilområden - exempelvis molekylär biofysik, strukturbiologi, biokemi, molekylär neurobiologi, molekylär metabolism och immunologi - och utgöra ett nav för metodutveckling i gränssnittet mellan experimentella mätningar, statistisk inferens och modern artificiell intelligens (AI). För att leda detta arbete söker vi nu en professor i beräkningsbiologi.
Ämnesbeskrivning
Beräkningsbiologi omfattar utveckling och tillämpning av beräkningsmässiga, statistiska och maskininlärningsbaserade metoder för att analysera, modellera och tolka biologiska system. Ämnet innefattar matematisk och probabilistisk modellering av biologiska processer, metodutveckling för storskaliga molekylära och cellulära mätdata samt utformning av beräkningsmetoder i nära samspel med experimentella teknologier och biologiska frågeställningar.

Ämnesområdet kan omfatta bland annat följande delområden:

• Analys av encells- och enmolekylgenomik
• Spatiell omik och bildfri eller sekvenseringsbaserad avbildningsanalys
• Multimodal dataintegration över encells-, spatiella- och bulkanalyser
• Probabilistiska och generativa modeller för högdimensionella biologiska data
• Grundmodeller och transfer learning för cellulär och molekylär biologi
• Inferens av celldynamik, härkomstrelationer och vävnadsarkitektur
• Samdesign av våtlabskemi, mätsystem och inferensalgoritmer för att utvinna tidigare otillgänglig biologisk information

Din roll
Vi söker en forskare som utvecklar beräkningsmässiga, statistiska och maskininlärningsbaserade ramverk i nära koppling till nya experimentella metoder inom molekylär och cellulär biologi, och som betraktar kvantitativa teknologier, matematisk modellering och biologisk upptäckt som delar av ett sammanhållet problem. Vi är intresserade av kandidater som arbetar med moderna AI-metoder - inklusive djupa generativa modeller, grundmodeller för biologiska sekvenser, strukturer, celler och vävnader, storskalig representationsinlärning samt fysik- eller mekanisminformerade neurala arkitekturer - i syfte att möjliggöra rigorös biologisk inferens.

Anställningen är en ledande befattning på professorsnivå. Utöver att driva egen forskning av hög internationell kvalitet förväntas du bygga upp och leda MBB:s nya avdelning för beräkningsbiologi: fastställa dess vetenskapliga riktning, rekrytera och utveckla fakultet och forskargrupper, ansvara för uppbyggnaden av gemensam beräkningsinfrastruktur samt företräda ämnesområdet inom KI och i nationella och internationella sammanhang. Du förväntas därtill ta ett institutionsövergripande ansvar för att beräkningsmässig och kvantitativ kompetens byggs upp och sprids i MBB:s och KI:s forsknings- och utbildningsmiljöer.

Du förväntas:

• leda ett självständigt, internationellt konkurrenskraftigt forskningsprogram och säkra långsiktigt konkurrensutsatt extern finansiering
• fungera som grundande föreståndare för den nya avdelningen för beräkningsbiologi och ansvara för dess vetenskapliga strategi och verksamhetsplanering, för rekrytering, mentorskap och karriärutveckling av fakultet och forskargrupper samt för uppbyggnaden av gemensam beräkningsinfrastruktur och teknisk personal
• ta ett strategiskt ledarskaps- och mentoransvar inom institutionen, inklusive stöd till yngre forskares karriärutveckling
• aktivt samarbeta med experimentella forskargrupper vid MBB, SciLifeLab och inom hela KI:s translationella miljö
• bidra till och ta ledande ansvar för utbildning på grundnivå, avancerad nivå och forskarnivå vid MBB och inom KI - inklusive att utveckla kurser och undervisningsmoment inom beräkningsbiologi, kvantitativa metoder och AI för livsvetenskaperna, handleda doktorander och postdoktorer samt bidra till att stärka den beräkningsmässiga kompetensen hos studenter och medarbetare
• representera avdelningen i institutionell och organisatorisk styrning.

Behörighetskrav
Behörig att anställas som professor med inriktning mot forskning är den som visat utmärkt vetenskaplig skicklighet och mycket god pedagogisk skicklighet.

Vid anställning som professor vid Karolinska Institutet gäller de behörighetskrav som anges i anvisningar till anställningsordningen och dessa bedöms i förhållande till den fastställda anställningsprofilens ämnesområde:

Se anvisningar till anställningsordning för lärare vid Karolinska Institutet.

Därutöver gäller även att du ska ha genomgått högskolepedagogisk utbildning omfattande 10 veckor enligt SUHF:s rekommendationer för behörighetsgivande högskolepedagogisk utbildning. Om sådan utbildning saknas vid anställningstillfället ska du inom ramen för anställningen genomgå sådan utbildning under de två första åren av anställningen.
Bedömningsgrunder
Anställningen har inriktning mot forskning. För denna anställning kommer viktning av meriter att ske enligt följande: vetenskaplig skicklighet (3), pedagogisk skicklighet (1), och ledarskap- och samverkansskicklighet (2).

Vid anställning som professor vid Karolinska Institutet gäller de bedömningsgrunder som anges i anvisningar till anställningsordningen och dessa bedöms i förhållande till fastställd anställningsprofil:

Se anvisningar till anställningsordning för lärare vid Karolinska Institutet.

Det är dessutom meriterande att du har uppvisat

• förmåga att utveckla metodologiskt nyskapande arbete som förenar experimentell biologi med statistisk och AI-baserad inferens, gärna inom områdena enkelcellsbiologi och spatial biologi,
• dokumenterad förmåga att bygga upp, leda och utveckla en forskargrupp eller forskningsmiljö, inklusive rekrytering och mentorskap av yngre forskare,
• erfarenhet av att utveckla och leda undervisning inom beräkningsbiologi, kvantitativa metoder eller AI för studenter och forskare med experimentell eller klinisk bakgrund, samt
• dokumenterad erfarenhet av samarbete över disciplinära gränser - till exempel genom gemensamma projekt och publikationer med experimentella eller kliniska forskargrupper, deltagande i eller ledning av tvärvetenskapliga konsortier, eller uppbyggnad av delade metod- och infrastrukturresurser.

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.
Vad erbjuder vi?
En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relation till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Solna

Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik | Karolinska Institutet
Din karriär fortsätter här

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar: personligt brev samt CV och meriter inklusive beskrivning av planerad forskning, redovisade i enlighet med Karolinska Institutets meritportfölj (http://ki.se/qualificationsportfolio). Ansökan kan uppdateras fram till sista ansökningsdatum. Efter detta datum går det inte att uppdatera ansökan.

Granskning av meriter genomförs av externa sakkunniga, i de flesta fall både nationella och internationella. Av den anledningen ser vi gärna att handlingarna inkommer på engelska.

KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Varmt välkommen med din ansökan!
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!