Doktorand inom AI och klinisk data science för bröstcancer

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Doktoranden kommer att vara placerad vid institutionen för onkologi-patologi, Karolinska Institutet, i forskargruppen Computational Breast Imaging som leds av docent Fredrik Strand. Gruppen är internationellt erkänd för utveckling och utvärdering av AI för bröstcancerdiagnostik och precisionsmedicin, och kombinerar kompetens inom radiologi, maskininlärning och biostatistik. Gruppen består av doktorander, forskningsingenjörer, forskningsassistenter, postdoktorer och samarbetande erfarna kliniker inom radiologi, patologi, onkologi och kirurgi. Gruppen har aktiva nationella samarbeten (KTH, Lunds universitet, Institutet för framtidsstudier och flera grupper vid KI) och internationella samarbeten (bland annat UC Berkeley, UCSF, University of Hawaii och Barcelonas universitet). Tillgänglig infrastruktur inkluderar högpresterande beräkningsresurser, GDPR-anpassad säker lagring, VAI.B-plattformen och en stor länkad retrospektiv bröstcancerkohort med bilder, klinisk dokumentation och registerdata. Doktoranden handleds av Apostolia Tsirikoglou, PhD, ledande AI-forskare i gruppen, som huvudhandledare, tillsammans med docent Fredrik Strand, gruppens chef och projektets huvudansvariga forskare, som bihandledare.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Detta doktorandprojekt utvecklar agentbaserad datainfrastruktur och metoder för att omvandla longitudinella, multimodala data till strukturerade representationer av kliniska beslutstillstånd och referensdatamängder (benchmarks) för korrekthetsorienterad utvärdering av AI-stödd multidisciplinär beslutsfattning. Bröstcancervård innefattar komplexa, longitudinella beslut inom radiologi, patologi, kirurgi, onkologi och multidisciplinära konferenser, baserade på information som utvecklas över tid och är utspridd över bilder, remisser, journalanteckningar och register. Nuvarande AI-system är oftast utvecklade för isolerade uppgifter och fångar sällan den tidsmässiga och multidisciplinära strukturen i verkligt kliniskt beslutsfattande.

Arbetet kombinerar data engineering, maskininlärning och språkteknologi och använder en stor retrospektiv bröstcancerkohort (mer än 30 000 fall) länkad till Nationella kvalitetsregistret för bröstcancer. Projektet genomförs i nära samarbete med kliniska specialister.

Doktoranden förväntas ta en aktiv och alltmer självständig roll i att formulera forskningsfrågor, utveckla metoder, arbeta med kliniska data, samarbeta med kliniker och datavetare, skriva vetenskapliga publikationer och presentera resultat vid internationella konferenser.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Krav:

• Masterexamen (eller motsvarande) inom bildanalys, maskininlärning, datavetenskap, biomedicinsk teknik, data science eller närliggande område
• Goda programmeringskunskaper, särskilt i Python
• Erfarenhet av maskininlärning och/eller bildanalys
• Erfarenhet av data engineering, dataflöden eller arbete med heterogena datakällor
• Stark analytisk förmåga och intresse för tvärvetenskaplig forskning i gränslandet mellan AI och klinisk medicin
• Förmåga att arbeta både självständigt och i ett tvärvetenskapligt team
• Utmärkta kunskaper i engelska i tal och skrift
  
  Meriterande:
  
  
• Erfarenhet av standarder för hälsodata (t.ex. FHIR, OMOP, DICOM) eller kliniska data
• Erfarenhet av integration av multimodala data eller tidsmässiga/longitudinella data
• Kännedom om containerisering och reproducerbara arbetsflöden (t.ex. Docker)
• Intresse för tillförlitlig AI, utvärderingsmetodik och klinisk implementering

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid. Anställningen kan även innehas på deltid, till minst 50 %.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.

Ansök senast den 20 oktober.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet