Postdoktor inom epigenetik på encellsnivå

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Forskargruppen Lambo vid Institutionen för onkologi-patologi (OnkPat) är en spännande, ny forskargrupp som studerar de epigenetiska mekanismer som gör det möjligt för tumörer att anpassa sig till behandling. Vi använder banbrytande experimentella och beräkningsbaserade metoder för att studera epigenetik, särskilt metoder som bygger på encellssekvensering. Detta omfattar nya tekniker som möjliggör storskalig analys av DNA-metylering i enskilda celler.
Vi är en tvärvetenskaplig grupp som kombinerar experimentella interventioner, beräkningsanalyser och AI-modellering, med målet att överbrygga klyftan mellan grundläggande tumörbiologi och klinisk tillämpning. Som postdoktoral forskare i vår grupp får du en spännande möjlighet att utforska ett i stor utsträckning outforskat forskningsområde, utveckla dina egna idéer och ta nästa steg i din karriär.

En kreativ och inspirerande miljö med bred kompetens och mångsidiga forskningsintressen

Institutionen för onkologi-patologi är en institution där preklinisk och klinisk cancerforskning är nära integrerade. Över 35 forskargrupper bildar en dynamisk och stark forskningsmiljö med det gemensamma målet att förbättra diagnostik, behandling och livskvalitet för patienter med cancer.
Våra lokaler finns i BioClinicum vid Karolinska Universitetssjukhuset, medan en del av institutionen är verksam vid Science for Life Laboratory. Detta ger tillgång till avancerad teknik inom bland annat genomik, proteomik, metabolomik, spatialbiologi, cellulär och molekylär avbildning samt bioinformatik.
Genom vårt nära samarbete med Svenska BarnTumörBanken, Theranostic Trial Center och Karolinska Comprehensive Cancer Center får prekliniska och kliniska forskare möjlighet att delta i gemensamma projekt. Projekten syftar till att möjliggöra tidig klinisk prövning av precisionsbehandlingar, förbättra cancerdiagnostiken, underlätta tidig upptäckt och utveckla innovativa kliniska prövningar för patienter med cancer.
Din roll
Anställningen innebär att generera, bearbeta och analysera data om DNA-metylering på encellsnivå för pediatriska cancersjukdomar, i synnerhet akut myeloisk leukemi hos barn. Som postdoktor kommer du att medverka i implementeringen av en nyligen utvecklad metod för storskalig analys av DNA-metylering i enskilda celler. Du kommer även att använda de data som genereras för att studera tumörutveckling vid barncancer. Eftersom denna typ av data är ny finns det goda möjligheter att utveckla och publicera nya beräkningsmetoder för att analysera materialet och studera tumörbiologi.

De huvudsakliga arbetsuppgifterna omfattar att:

• bidra till implementeringen av storskalig analys av DNA-metylering på encellsnivå
• bearbeta, hantera och underhålla stora sekvenseringsdataset
• utveckla nya beräkningsmetoder för att karakterisera celltillstånd och förändringar i celltillstånd utifrån DNA-metylering
• utveckla nya beräkningsmetoder för att identifiera biologiskt relevanta mekanismer
• samarbeta i team med experimentella biologer för att bidra till hypotesgenerering, sätta biologiska fynd i sitt sammanhang och validera resultaten
• genomföra multimodal integrering med andra datatyper
• tolka data och formulera nya testbara hypoteser
• ansvara för studiedesign, beräkningsmetoder, vetenskapligt skrivande, datavisualisering, manuskriptförberedelser, presentation och hantering av data som ingår i vetenskapliga publikationer

Vem är du?
För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer och erfarenhet

• Dokumenterad erfarenhet av analys av encellsdata, enkelkärnedata och/eller epigenetiska dataset
• Goda kunskaper i programmering i R och/eller Python
• Erfarenhet av att hantera stora och komplexa biologiska dataset
• Erfarenhet av centrala analysmoment, såsom sekvensinpassning, kvalitetskontroll, dataintegrering och biologisk tolkning
• Förmåga att utveckla och felsöka beräkningsmetoder, säkerställa reproducerbarhet och kritiskt tolka resultat
• Dokumenterad förmåga att framgångsrikt sprida och presentera forskningsresultat, exempelvis vid nationella och internationella konferenser
• God kommunikativ förmåga på engelska samt förmåga att arbeta i en tvärvetenskaplig miljö

Meriterande

• Erfarenhet av att framställa bibliotek för encellssekvensering
• Erfarenhet av laborativt arbete
• Erfarenhet av att arbeta med data inom barncancer
• Dokumenterad erfarenhet av arbete med eller forskning om DNA-metylering
• Kunskap om eller erfarenhet av epigenetisk reglering inom utvecklingsbiologi
• Dokumenterad erfarenhet av att utveckla beräkningsbaserade arbetsflöden, exempelvis publicerade programpaket eller bioinformatiska verktyg

Sökande med en tvärvetenskaplig bakgrund och erfarenhet av både laborativt och beräkningsbaserat arbete kommer att prioriteras för anställningen. Erfarenhet av barncancer och DNA-metylering är meriterande, men inget krav.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: BioClinicum, Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan
Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. Ansök senast den 12 november.

Denna anställning är på 2 år med möjlighet till förlängning.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!