Doktorandplats (PhD) inom utveckling och implementering av avancerad diagnostik av HIV-1-reservoarer för biomedicinsk analytiker
Karolinska InstitutetBeskrivning
Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Projektet är förlagt till Maarten van de Klunderts forskarteam, som ingår i senior professor Anders Sönnerborgs verksamhet vid Institutionen för medicin, Huddinge, Centrum för infektionsmedicin - Kliniska infektionssjukdomar. Forskargruppen har ett starkt forskningsfokus på HIV-1.
Doktorandanställningen är placerad vid ANA Futura, Campus Flemingsberg, en modern och internationell forskningsmiljö med tillgång till avancerad infrastruktur och möjligheter till tvärvetenskapligt samarbete. Anställningen kommer att vara nära integrerad med det kliniskt mikrobiologiska laboratoriet vid Karolinska Universitetslaboratoriet, som är nationellt referenslaboratorium för HIV-1 och retrovirus.
Du kommer att arbeta i en forskningsmiljö som präglas av nära samarbete mellan forskare med kompletterande expertis inom molekylär virologi, HIV-1-immunologi och bioinformatik.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandanställningen är en del av den nationella forskarskolan Biomedical Laboratory Scientists for Excellence - Future Educators in Health and Medical Care (BioLabX). Därför är endast sökande med examen som biomedicinsk analytiker behöriga att söka anställningen.
I detta doktorandprojekt kommer du att undersöka HIV-1-reservoaren i kliniska prover från personer som lever med HIV-1. Projektet är nära kopplat till en pågående klinisk kohort vid Infektionskliniken, Karolinska Universitetssjukhuset, och kombinerar etablerad klinisk provtagning med molekylära och bioinformatiska analyser av HIV-1-provirus.
Du kommer att etablera och optimera arbetsflöden för analys av HIV-1-proviralt DNA för att karakterisera HIV-1-provirala sekvenser med avseende på genetisk variation, viral subtyp, läkemedelsresistensmutationer, hypermutation och andra sekvensegenskaper. För dataanalysen kommer du att använda avancerad bioinformatik och fylogenetisk analys. Du kommer även att medverka i biobankning av samtliga inkommande prover och senare karakterisera immunologiska egenskaper hos utvalda studiedeltagare, exempelvis genom FACS-analys, ELISpot-analyser, analys av HIV-reaktivering och andra metoder.
Utöver de obligatoriska kurser som ingår i forskarutbildningen vid Karolinska Institutet omfattar BioLabX-programmet ett gemensamt kurspaket bestående av två ämnesspecifika kurser på forskarnivå. Programmet omfattar även en seminarieserie, workshoppar och årliga internat, vilka är obligatoriska för doktoranderna
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.
Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
A) Grundläggande behörighetskrav
Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*
Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.
B) Särskilt behörighetskrav
Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).
Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.
Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Den sökande ska ha:
Följande kvalifikationer är meriterande:
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.
Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.
Din ansökan ska innehålla dessa dokument:
- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.
Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:
- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning
Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.
KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.
Länkar:
Maarten van de Klundert's team
Anders Sönnerborg's research group
Institutionen för Medicin, Huddinge
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Projektet är förlagt till Maarten van de Klunderts forskarteam, som ingår i senior professor Anders Sönnerborgs verksamhet vid Institutionen för medicin, Huddinge, Centrum för infektionsmedicin - Kliniska infektionssjukdomar. Forskargruppen har ett starkt forskningsfokus på HIV-1.
Doktorandanställningen är placerad vid ANA Futura, Campus Flemingsberg, en modern och internationell forskningsmiljö med tillgång till avancerad infrastruktur och möjligheter till tvärvetenskapligt samarbete. Anställningen kommer att vara nära integrerad med det kliniskt mikrobiologiska laboratoriet vid Karolinska Universitetslaboratoriet, som är nationellt referenslaboratorium för HIV-1 och retrovirus.
Du kommer att arbeta i en forskningsmiljö som präglas av nära samarbete mellan forskare med kompletterande expertis inom molekylär virologi, HIV-1-immunologi och bioinformatik.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandanställningen är en del av den nationella forskarskolan Biomedical Laboratory Scientists for Excellence - Future Educators in Health and Medical Care (BioLabX). Därför är endast sökande med examen som biomedicinsk analytiker behöriga att söka anställningen.
I detta doktorandprojekt kommer du att undersöka HIV-1-reservoaren i kliniska prover från personer som lever med HIV-1. Projektet är nära kopplat till en pågående klinisk kohort vid Infektionskliniken, Karolinska Universitetssjukhuset, och kombinerar etablerad klinisk provtagning med molekylära och bioinformatiska analyser av HIV-1-provirus.
Du kommer att etablera och optimera arbetsflöden för analys av HIV-1-proviralt DNA för att karakterisera HIV-1-provirala sekvenser med avseende på genetisk variation, viral subtyp, läkemedelsresistensmutationer, hypermutation och andra sekvensegenskaper. För dataanalysen kommer du att använda avancerad bioinformatik och fylogenetisk analys. Du kommer även att medverka i biobankning av samtliga inkommande prover och senare karakterisera immunologiska egenskaper hos utvalda studiedeltagare, exempelvis genom FACS-analys, ELISpot-analyser, analys av HIV-reaktivering och andra metoder.
Utöver de obligatoriska kurser som ingår i forskarutbildningen vid Karolinska Institutet omfattar BioLabX-programmet ett gemensamt kurspaket bestående av två ämnesspecifika kurser på forskarnivå. Programmet omfattar även en seminarieserie, workshoppar och årliga internat, vilka är obligatoriska för doktoranderna
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.
Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
A) Grundläggande behörighetskrav
Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.
B) Särskilt behörighetskrav
Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).
Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.
Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Den sökande ska ha:
- Ett stort intresse för HIV-forskning, molekylär virologi och translationell biomedicinsk forskning.
- God analytisk förmåga och förmåga att tolka experimentella och kvantitativa data.
- Mycket god förmåga att tala, läsa och skriva på engelska.
- Biomedicinsk analytikerexamen (BMA-examen)
Följande kvalifikationer är meriterande:
- Erfarenhet av experimentellt laboratoriearbete inom molekylärbiologi, mikrobiologi, virologi eller närliggande område.
- Erfarenhet av DNA- och RNA-sekvensering, särskilt NGS (Next Generation Sequencing) och fylogenetisk analys.
- Grundläggande erfarenhet av programmering och/eller bioinformatik, exempelvis i R, Python eller liknande verktyg, samt arbete i Linux-miljö.
- Erfarenhet av immunologiska metoder och analyser, såsom isolering av PBMC, FACS, ELISpot, intracellulär cytokinfärgning (ICS) eller liknande.
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.
Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.
Din ansökan ska innehålla dessa dokument:
- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.
Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:
- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning
Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.
KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.
Länkar:
Maarten van de Klundert's team
Anders Sönnerborg's research group
Institutionen för Medicin, Huddinge
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet
Ansök till tjänsten
Doktorandplats (PhD) inom utveckling och implementering av avancerad diagnostik av HIV-1-reservoarer för biomedicinsk analytiker
OM FÖRETAGET
Karolinska Institutet
