Doktorandplats inom spatial transkriptomik, bioinformatik och cancerimmunologi som en del av det nationella DDLS-doktorandprogrammet

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
EnDDLS-doktorandtjänstfinns tillgänglig iEngblom-labbet, med drCamilla Engblomsom huvudhandledare och drJoakim Lundebergsom biträdande handledare. Tjänsten ligger i skärningspunkten mellan spatial transkriptomik, bioinformatik och cancerimmunologi, med det ultimata målet att förstå tumörassocierade immunreaktioner och utnyttja dessa för terapi.

Det övergripande syftet för Engblom-labbet är att utforska grundläggande mekanismer i B- och T-cellsrelaterade immunsvar vid cancer för att identifiera nya vägar för behandling. För att göra detta kartlägger vi B- och T-cellskloner och deras omedelbara nischer i vävnader med hjälp av vår egenutvecklade teknik baserad på rumslig transkriptomik (Spatial VDJ). Med hjälp av etablerade och nyutvecklade algoritmer kartlägger vi B-cellers evolution i vävnader, samt identifierar kandidater för tumörreglerande antikroppssekvenser för funktionell testning.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
I detta doktorandprojekt kommer studenten att använda och utveckla nya verktyg förmultimodal dataför att kartlägga immuncellsnischer vid cancer. Framsteg inom högupplösta spatial omik-teknologier som mäter olika analyser fångar nu denna komplexitet i anmärkningsvärd detalj, vilket ger banbrytande insikter i hur molekylära relationer formar hälsa och sjukdom i vävnader. Trots detta är de analytiska verktyg som kan integrera flerdimensionell rumslig data fortfarande begränsade.

Projektmålen är att:

Utveckla verktyg för och genomföra integration av modaliteter med varierande dynamiskt omfång, gleshet och icke-linjärt beteende.

Fastställa metoder för att upptäcka multicellulära immunnischer.

Följa klonal evolution hos B-celler över det molekylära landskapet för att förstå nischens "interaktom" och därmed identifiera potentiella tumörassocierade antigener.

Viktigt är att studenten kommer att få tillgång till redan insamlade dataset, ett samverkande och kompletterande handledarteam samt en dynamisk, banbrytande miljö inom rumslig biologi. Detta gör dem väl lämpade att beräkningsmässigt integrera B- och T-cellsutveckling tillsammans med deras transkriptionella och metabola nischer i cancer. Det kliniska behovet är betydande, och det tillvägagångssätt som presenteras här utgör en väg för datadriven diagnostik och övervakning av sjukdom.

Studenten förväntas lära sig att utforma forskningsfrågor och hypoteser, designa experiment, analysera data, gå kurser, skriva vetenskapliga manuskript, kommunicera vetenskap till kollegor och allmänheten, samt kritiskt engagera sig i det vetenskapliga samfundet.

Sökanden kommer att arbeta i nära samarbete med andra doktorander, postdoktorer och forskare iEngblom- och Lundeberg-labben. Sökanden förväntas aktivt utföra analyser av rumslig transkriptomik och immunklon-data, samt presentera resultat för både allmänna och specialiserade målgrupper.

Det datadrivna livsvetenskapliga initiativet (DDLS)

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till mänsklig hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna livsvetenskapare och att skapa globalt ledande kapacitet inom beräknings- och datavetenskap i Sverige.

Programmet finansieras med totalt 3,3 miljarder kronor över 12 år av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW). Under 2026 kommer DDLS-forskarskolan att utökas genom rekrytering av 25 akademiska och 7 industriella doktorander. Under DDLS-programmets gång kommer fler än 260 doktorander och 200 postdoktorer att ingå i forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Cell- och molekylärbiologi, Evolution och biodiversitet, Precisionsmedicin och diagnostik och Infektionsbiologi och epidemiologi.

För mer information, se:https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Framtidens livsvetenskap är datadriven. Vill du vara en del av den förändringen? Sök då till oss i detta unika program!

VidKarolinska Institutetutlyser vi nu en tjänst somDDLS-doktorand inom datadriven precisionsmedicin och diagnostik.

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegrering, analys, visualisering och datatolkning för patientstratifiering, identifiering av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och hälsoövervakning. Forskningen inom precisionsmedicin förväntas utnyttja befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylära data (t.ex. omik-data), bildanalys, elektroniska patientjournaler, longitudinella patient- och befolkningsregister samt biobanker.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande(A)och det särskilda(B)behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidanBedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidanEnglish language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Vårt labb har en ledig tjänst för en mycket kreativ och motiverad doktorand med fokus på datadriven livsvetenskap. Vi söker en kandidat med kunskap inom och dokumenterad forskningserfarenhet av särskiltbioinformatik och/eller beräkningsbiologi, analys av rumslig transkriptomik och biologi, samt programmeringsspråken Python och R(kritiskt). Tidigare erfarenhet av att analysera högupplöst spatial VDJ/transkriptomik, "long-read"-sekvensering, singel-cell-transkriptomik, proteinstrukturanalys och känsliga data anses vara en stark merit. Kandidaten förväntas arbeta med kliniska data. En avslutad masterexamen anses vara meriterande.

Tjänsten kommer att kräva självständigt arbete såväl som omfattande samarbete med andra experimentella grupper. Flytande engelska i både tal och skrift är nödvändigt. Dokumenterad förmåga att analysera och presentera resultat muntligt och skriftligt är viktigt. Erfarenhet av att handleda studenter (t.ex. på kandidatnivå eller motsvarande) anses vara meriterande.

Sökanden förväntas vara mycket engagerad, självständig, nyfiken och en lagspelare.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (seAovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (seBovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://www.scilifelab.se/researchers/camilla-engblom/

https://www.scilifelab.se/researchers/joakim-lundeberg/
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet