Doktorand i medicinsk vetenskap, AI och bioinformatik vid BKV

Vi har kraften från över 50 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss!

Vi söker nu en doktorand inom medicinsk vetenskap, AI och bioinformatik.

Dina arbetsuppgifter

Projektet syftar till att utveckla AI-baserade foundation models för integrerad analys av single-cell- och multi-omics-data för att bättre förstå hur molekylära och cellulära processer samordnas mellan celler, vävnader och organsystem vid hälsa och sjukdom. Du kommer att ansvara för att utveckla och tillämpa avancerade metoder inom AI och bioinformatik på storskaliga single-cell- och multi-omics-data. Projektet kommer att fokusera på att integrera dessa data för att studera cellulär och vävnadsspecifik signalering, molekylär kommunikation och systemiska molekylära nätverk, samt hur dessa processer förändras mellan fysiologiska tillstånd och sjukdomstillstånd. Genom detta arbete kommer du att utveckla prediktiva och biologiskt tolkbara modeller som kopplar samman molekylära mönster på flera nivåer av människans biologi.

Projektet ligger i gränslandet mellan artificiell intelligens, beräkningsbiologi, systemmedicin och precisionshälsa och innebär nära samarbete med forskare inom både beräkningsvetenskapliga och biomedicinska områden. Utöver projektets huvudsakliga inriktning kommer du att få möjlighet att utveckla relaterade forskningsfrågor utifrån dina egna intressen och nya resultat som framkommer under projektets gång. Du kommer därigenom att utveckla bred kompetens inom AI och multi-omics-analys samt växa som självständig forskare inför en framtida karriär inom akademi, bioteknik eller datadriven precisionsmedicin.

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20 procent av heltid.

Dina kvalifikationer

Du har avlagt examen på avancerad nivå inom AI, bioinformatik, systembiologi eller ett närliggande område, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå. Alternativt har du på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Därutöver krävs:

God programmeringsförmåga och starka kvantitativa färdigheter, särskilt i Python och/eller R.

Erfarenhet av deep learning, maskininlärning eller analys av storskaliga omics-data.

Hög grad av motivation och självständighet, god problemlösningsförmåga samt förmåga att samarbeta i en tvärvetenskaplig forskningsmiljö.

Förmåga att kommunicera obehindrat på engelska, både muntligt och skriftligt.

Följande kvalifikationer är inte ett krav men är särskilt meriterande:

Erfarenhet av foundation models, transformers, generativa modeller eller representation learning.

Erfarenhet av analys av storskaliga single-cell-omics-data.

Erfarenhet av integrativ analys av multi-omics-data, exempelvis genomik, proteomik eller metabolomik.

Erfarenhet av relevanta ramverk för maskininlärning, exempelvis PyTorch, samt högpresterande beräkningsmiljöer (HPC).

Kunskap inom molekylär- och cellbiologi, systembiologi eller precisionsmedicin.

Till ansökan ska även bifogas en forskningsplan där du beskriver hur din bakgrund, dina färdigheter och dina forskningsintressen gör dig lämpad för projektet om AI foundation models för integrerad single-cell- och multi-omics-analys. Beskriv också i forskningsplanen kortfattat en forskningsfråga eller forskningsinriktning inom AI, single-cell-biologi, multi-omics eller systemmedicin som du skulle vara intresserad av att utforska under din doktorandutbildning.

Din arbetsplats

Du kommer att vara anställd i forskargruppen som leds av Universitetslektor https://liu.se/medarbetare/wenzh16, fellow inom det svenska nationella programmet för https://www.scilifelab.se/data-driven. Forskargruppen är placerad vid https://liu.se/organisation/liu/bkv/cnb, https://liu.se/organisation/liu/bkv, Linköpings universitet.

Forskargruppen fokuserar på integrativ multi-omics, samspelet mellan genetisk variation och mänskliga fenotyper samt utveckling av AI-drivna metoder för att bättre förstå människans biologi och sjukdomar och omsätta dessa kunskaper i datadrivna strategier för precisionshälsa.

Om anställningen

I samband med att du antas till forskarutbildningen handläggs din anställning som doktorand. Läs mer om respektive fakultets forskarutbildning https://liu.se/forskning/forskarutbildning

Anställningen är tidsbegränsad till normalt fyra år heltid. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av undervisnings- och institutionsuppdrag. Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske. Du anställs till en början på ett år, och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan.

Tillträde enligt överenskommelse.

Lön och förmåner

Doktorandlönen regleras utifrån en lokalt avtalad lönestege. Läs mer om förmåner för anställda https://liu.se/jobba-pa-liu/formaner.

Fackliga kontaktpersoner

Information om fackliga kontaktpersoner, se https://liu.se/jobba-pa-liu/hjalp-for-sokande.

Ansökan

Du söker denna anställning genom att klicka på knappen "Ansök" nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast 261030. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas inte.

Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med https://liu.se/artikel/lika-villkor/.

Välkommen med din ansökan!

Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.