Mångfald och interaktioner hos plasmidberoende fager i akvatiska ekosystem

Institutionen för vatten och miljö

Forskarutbildningsämne:

Biologi

Beskrivning av doktorandprojektet:

Antibiotikaresistens (AMR) är en av vår tids mest angelägna globala hälsoutmaningar. En viktig drivkraft bakom spridningen av AMR är horisontell överföring av antibiotikaresistensgener via konjugativa plasmider, det vill säga mobila genetiska element som förflyttar sig mellan bakterier. Plasmidberoende fager (plasmid dependent phages; PDPs) är virus som specifikt infekterar bakterier som bär på dessa plasmider, vilket gör dem till ett potentiellt kraftfullt men hittills förbisett verktyg för att kontrollera spridningen av resistensgener.

Det här doktorandprojektet är en del av ECOPHARM, ett forskningsprojekt finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (Wallenberg Academy Fellows 2025). Det övergripande målet med ECOPHARM är att kartlägga de mekanismer som styr PDPs interaktioner med konjugativa plasmider och bakteriella värdar, samt att förstå deras inverkan på överföringen av antibiotikaresistensgener i akvatiska miljöer.

Som doktorand kommer du att undersöka mångfalden, ekologin och de funktionella interaktionerna hos PDPs i akvatiska ekosystem. Arbetet kommer att kombinera miljöprovtagning, odlingsbaserade metoder, metagenomik, genomanalys och infektionsanalyser. Du kommer att arbeta i en dynamisk och internationellt sammankopplad forskningsmiljö i skärningspunkten mellan mikrobiell ekologi, virus-värd-koevolution och AMR-forskning. För att lära dig mer om vår forskning är du välkommen att besöka vår webbplats https://www.bionomics-mmlab.com/

Arbetsuppgifter:

Som doktorand förväntas du att:

Designa och genomföra fältprovtagning i akvatiska miljöer för att kartlägga PDP-samhällen

Utföra laboratorieexperiment för att studera PDP-plasmid-värd-interaktioner under kontrollerade förhållanden

Tillämpa metagenomiska och bioinformatiska verktyg för att analysera data från mikrobiella och virala samhällen

Bidra till experimentellt arbete med fagerisolering, odling och infektionsanalyser

Presentera resultat vid labbmöten, nationella och internationella konferenser samt bidra till vetenskapliga publikationer

Följa laboratoriets riktlinjer för datahantering

Kommunicera framsteg och hinder i tid och på ett tydligt sätt

Samarbeta med nationella och internationella projektpartners inom ECOPHARM-nätverket

Behörighet:

Grundläggande behörighet har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 hp, varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller som på annat sätt inom eller utom landet har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper (högskoleförordningen, kap. 7 § 39).

Särskild behörighet att antas till forskarutbildningen i ämnet biologi har den som har kunskaper motsvarande minst 90 högskolepoäng (hp) i biologiska ämnen. Dessa skall inkludera ett självständigt arbete och minst 30 hp ska vara på avancerad nivå.

Dessutom krävs att du har kunskaper i Engelska som motsvarar godkänt betyg i Engelska B/6 från svenskt gymnasium.

Din bakgrund:

Krav:

En masterexamen i mikrobiologi, biologi, molekylärbiologi, miljövetenskap eller ett närbesläktat ämne

Bakgrund inom mikrobiologi eller molekylärbiologi

Erfarenhet av laboratorietekniker relevanta för mikrobiell eller miljörelaterad forskning

Goda kunskaper i engelska, både i skrift och tal

Meriterande:

Erfarenhet av bioinformatik eller beräkningsbaserad analys av sekvensdata

Kännedom om fagbiologi, plasmidbiologi eller antibiotikaresistensforskning

Erfarenhet av provtagning i akvatiska eller andra naturliga miljöer

Personliga egenskaper vi söker:

Hög grad av självständighet - du tar initiativ, definierar problem på egen hand och driver arbetet framåt i dialog med din handledare

Samarbetsinriktad - du bidrar aktivt till en god teammiljö och stöttar dina kollegor

Tydlig kommunikatör - du kan förmedla komplexa idéer både skriftligt och muntligt, till såväl specialister som icke-specialister

Nyfikenhet, noggrannhet och förmåga att hantera vetenskaplig osäkerhet

Om oss:

Institutionen för vatten och miljö är ett kompetenscentrum för tillämpad miljöforskning med ett nationellt ansvar för övervakning av miljötillståndet i svenska sjöar och vattendrag med avseende på vattenkemi, miljöförorening och akvatisk biota. Forskningen vid institutionen fokuserar på geokemiska och hydrologiska processer, akvatisk ekologi och biodiversitet, mikrobiell ekologi samt miljökemi och akvatisk ekotoxikologi. Institutionen har drygt 150 anställda varav ca hälften utgörs av forskare/doktorander och den andra hälften av teknisk och administrativ personal.

Mer information om institutionen: http://www.slu.se/vatten-miljo

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Läs mer om SLU:s forskarutbildning på http://www.slu.se/utbildning/program-kurser/forskarutbildning/.

Försörjningsform och lön:

Anställning som doktorand (4 års utbildning).

Lönen för doktorandanställningen följer lokalt kollektivavtal med fasta lönesteg.

Omfattning:

100%

Placering:

Uppsala

Tillträde:

2026-10-01

Ansökan och urval:

Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2026-08-30.

Din ansökan ska innehålla:

En sida där du reflekterar kring (1) varför du vill doktorera, (2) varför du specifikt ser vår forskargrupp som en bra match för dig och (3) varför det här projektet intresserar dig

Två publikationer relaterade till ämnet "plasmid dependent phages" som du finner mest intressanta

Alla ansökningshandlingar ska vara skrivna på engelska

Läs mer om de bilagor som din ansökan också ska innehålla på https://www.slu.se/utbildning/studera/forskarutbildning/hur-kan-jag-bli-doktorand/ansokan-och-bilagor/

Urval bland behöriga sökande sker baserat på de bilagor som bifogas i ansökan, och ska göras med hänsyn till förmåga att slutföra utbildningen inom utsatt tid.

Fackliga kontaktpersoner

https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/