Forskningsassistent inom spatial multiomik och translationell utvecklingsbiologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi rekryterar en forskningsassistent med gedigen erfarenhet av våt- och torrlaboratoriearbete inom spatial omik, genomik, vävnadsbiologi och metodutveckling till Emma Andersson Lab på Karolinska Institutet. Du kommer att arbeta i gränssnittet mellan utvecklingsbiologi, sjukdomsmodellering, regenerering och metodutveckling inom spatial multiomik, och bidra till att förstå hur genetiska störningar förändrar organutveckling, vävnadsarkitektur och cellulär identitet. Tjänsten erbjuder möjligheten att bidra till projekt inriktade på innerörats utveckling, regenerering och sjukdomsrelevant vävnadsombyggnad. Du kommer att arbeta nära experimentister, beräkningsbiologer, kärnanläggningar och kliniska samarbetspartners, och bidra till utveckling och tillämpning av toppmoderna encelliga, spatial- och multimodala teknologier.
Ditt uppdrag
Du kommer att bidra experimentellt och beräkningsmässigt till projekt som syftar till att förstå hur organ under utveckling får sina korrekta cellulära identiteter och arkitekturer, och hur dessa processer förändras vid medfödd sjukdom, skada, åldrande och regenerering.

Nyckeluppgifter inkluderar:

• Bearbetning, kvalitetskontroll och analys av spatial transkriptomik, avbildningsbaserad transkriptomik, RNA-sekvensering av encelliga/enkelkärniga celler, och eventuellt masspektrometri, masspektrometriavbildning och relaterade datamängder.
• Bidra till utveckling av nya spatial- och encelliga/enkelkärniga multiomikmetoder som kopplar samman vävnadsmorfologi, genuttryck och molekylära fenotyper, inklusive integration av spatial transkriptomik med härstamningsspårning och potentiellt masspektrometribaserade avläsningar.
• Utveckla, anpassa och felsöka experimentella arbetsflöden för vävnadsbaserad omik, inklusive arbete med musmodeller, organoider, CRISPR-konstruerade cellsystem och/eller patienthärlett material.
• Utföra dataanalys och visualisering med hjälp av R och Python, och arbeta med kliniska samarbetspartners för att tolka resultaten.
• Stödja reproducerbara analysarbetsflöden, dokumentation, datahantering och förberedelse av figurer, rapporter, manuskript och bidragsmaterial.
• Interagera med kärnanläggningar och externa samarbetspartners, inklusive kliniska samarbetspartners.

Din profil
Krav:

• Master- eller doktorsexamen (nästan fullbordad är tillräckligt) i bioteknik (eller närbesläktad).
• Dokumenterad erfarenhet av nästa generations sekvenseringstekniker, såsom RNA-sekvensering för encelliga eller enkärniga celler, spatial transkriptomik och long-read-sekvensering.
• Erfarenhet av spatial transkriptomikplattformar som Visium, Visium HD, Xenium, RNAscope eller relaterade tekniker.
• Förmåga att analysera biologiska data självständigt med hjälp av R och Python.
• Utmärkta samarbetsförmåga och förmåga att arbeta i våtlaboratorier, torrlaboratorier, kärnanläggningar och kliniska/translationella miljöer.
• God skriftlig och muntlig engelska.

Meriterande (starkt fördelaktigt):

• Medicinsk examen eller dokumenterad erfarenhet av translationell forskning.
• Ett starkt intresse för utvecklingsbiologi, organogenes, sjukdomsmekanismer, regenerering och/eller translationell vävnadsbiologi.
• Ett starkt intresse för att överbrygga experimentell biologi, beräkningsanalys och medicinskt relevanta sjukdomsfrågor.
• Erfarenhet av ett eller flera av följande områden: exomsekvensering, long-read-sekvensering, LC-MS, masspektrometriavbildning, cellsortering, flödescytometri, histologi och digital patologi.
• Erfarenhet av att utveckla, optimera eller felsöka nya experimentella protokoll för utveckling av spatial eller single-cell/single-nuclei multiomics-teknik.
• Erfarenhet av att utarbeta publikationskvalitetsfigurer, manuskript, protokoll, patent eller samarbetsrapporter.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

www.anderssonlab.com

https://ki.se/en/research/research-areas-centres-and-networks/research-groups/understanding-how-life-develops-emma-anderssons-group#tab-start

[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla]

Ansökan
KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss