Doktorandplats inom molekylär virologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Doktorandplatsen är förlagd till Peter Svenssons forskargrupp vid Institutionen för medicin, Huddinge (MedH), Karolinska Institutet, vid Centrum för infektionsmedicin (CIM). Gruppen studerar HIV-reservoaren, särskilt värd-virus-interaktioner och mekanismer bakom kvarstående viral aktivitet trots effektiv antiviral behandling. Särskilt fokus ligger på

proliferation av infekterade celler, den epigenetiska kontexten och proviral transkription, med hjälp av nya metoder för att karakterisera provirues, deras integrationsställen och transkriptionell aktivitet. Forskningsmiljön är kollaborativ och translationell, där patientnära frågeställningar kombineras med avancerade molekylära metoder, sekvensering och bioinformatik. Doktoranden kommer att arbeta i ett litet och interaktivt team och ha nära samarbete med andra forskare och studenter inom CIM, MedH och Karolinska Institutet.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Projektet fokuserar på HIV-reservoarforskning, med särskild tonvikt på karakterisering av HIV-RNA/DNA i primärmaterial samt modellceller med hjälp av Oxford Nanopore-sekvensering och kompletterande molekylära och beräkningsmässiga (computational) angreppssätt. Doktoranden kommer att bidra till att utveckla, optimera och tillämpa arbetsflöden för long read-sekvensering av HIV-sekvenser, analysera viral sekvensdiversitet samt tolka data för att knyta ihop grundforskning och klinisk verklighet. Arbetet kommer att kombinera experimentella och analytiska delar och genomförs i nära samarbete med en annan doktorand i gruppen som har ett tydligare laboratoriefokus på reservoarbiologi, cellodling och produktion av intakta/defekta virus.

Arbetsuppgifterna innefattar att planera och utföra laboratoriearbete, bidra till optimering av sekvenseringsprotokoll, utveckla och använda bioinformatiska pipelines för long read-sekvensdata, analysera och presentera resultat samt medverka i författande av vetenskapliga manuskript. Doktoranden förväntas också gå forskarutbildningskurser, delta aktivt i forskargruppens vetenskapliga aktiviteter och bidra till en kollaborativ forskningsmiljö.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Nödvändiga kvalifikationer:

• Erfarenhet av att kombinera laboratoriearbete (wet-lab) och beräkningsmässigt arbete (computational).
• Erfarenhet av analys av sekvenseringsdata och/eller bioinformatiska arbetsflöden.
• God programmeringsvana i minst ett språk som ofta används inom bioinformatik, såsom Python eller R.
• Stark analytisk förmåga och ett strukturerat arbetssätt vid problemlösning.
• Mycket god förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska.

Meriterande kvalifikationer:

• Bakgrund inom molekylärbiologi, virologi, genomik, bioinformatik eller närliggande områden som är relevanta för projektet.
• Erfarenhet av epigenetik, virologi eller immunologi.
• Intresse för translationell forskning och för att koppla molekylära fynd till kliniskt relevanta frågeställningar.

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Vi söker en kandidat som är motiverad, ansvarstagande och noggrann, som kan arbeta självständigt och samtidigt bidra positivt till vårt team.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Läs mer om Peter Svenssons forskargrupp här.
Läs mer om CIM här.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet