Doktorandplats inom epigenetik, bioinformatik och neuroimmunologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Forskargruppen leds av professor Maja Jagodic vid Institutionen för klinisk neurovetenskap (CNS) och ingår i nätverket Karolinska Neuroimmunology and Multiple Sclerosis (KNIMS), som samlar cirka 100 forskare som studerar olika aspekter av neuroimmunologisk patogenes.

Denna doktorandplats erbjuder en unik möjlighet att bidra till interaktiv och kliniskt driven forskning genom att kombinera en djup förståelse för de molekylära mekanismer som ligger bakom neurologiska tillstånd med tillgång till kliniska kohorter i världsklass. Du kommer att arbeta i en samarbetsinriktad, tvärvetenskaplig och internationell forskningsmiljö som är inriktad på att utveckla innovativa translationella metoder inom precisionsmedicin.

Dr Maria Needhamsen kommer att vara huvudhandledare tillsammans med ett tvärvetenskapligt handledarteam bestående av dr Narsis Kiani, professor Fang Fang och professor Maja Jagodic. Handledarteamet förenar kompletterande expertis inom bioinformatik, beräkningsbiologi, epigenetik, neuroimmunologi och epidemiologi.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandprojektet fokuserar på användningen av cellfritt DNA (cfDNA) för att undersöka molekylära processer som är förknippade med neurologiska tillstånd. Projektet kommer att utnyttja unika kliniska kohorter samt avancerade molekylära och beräkningsbaserade metoder för att utforska potentialen hos cfDNA som en källa till sjukdomsrelevant biologisk information. Genom att integrera cfDNA-data med kompletterande molekylär och klinisk information syftar projektet till att öka vår förståelse för sjukdomsmekanismer och bidra till utvecklingen av nya biomarkörstrategier.

Doktoranden förväntas aktivt delta i projektet och successivt ta ett större ansvar för dess experimentella och beräkningsmässiga delar. Arbetet omfattar generering av storskaliga sekvenseringsdata (high-throughput sequencing) samt utveckling och implementering av beräkningsmässiga och statistiska analyser.
Doktoranden kommer även att bidra till vetenskapligt skrivande, presentationer och spridning av forskningsresultat. Därutöver ingår deltagande i forskarutbildningskurser samt medverkan i relevanta forsknings- och forskarskoleaktiviteter. Den sökande förväntas bidra till att upprätthålla en vänlig, inkluderande och produktiv arbetsmiljö.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Vi söker en kreativ, engagerad och driven lagspelare med ett starkt intresse för forskning.
Den sökande bör ha ett starkt intresse för epigenetik, bioinformatik och neuroimmunologi samt ha en masterexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, molekylärbiologi, biomedicin eller ett närliggande område. Goda programmeringskunskaper i R och/eller Python, erfarenhet av arbete i Linuxbaserade miljöer samt vana vid högpresterande beräkningsmiljöer (HPC) är meriterande.

Erfarenhet av analys av storskaliga DNA-metyleringsdata eller single-cell RNA-sekvenseringsdata (scRNA-seq), inklusive databearbetning, statistisk analys, integrering och visualisering, ses som en fördel. Kunskap om maskininlärning, celltypsdekonvolution och cellfritt DNA-baserade metoder är också meriterande, men inget krav.
Vi söker dig som har god samarbets- och kommunikationsförmåga samt förmåga att samarbeta effektivt med forskare och andra yrkesverksamma inom olika vetenskapliga och kliniska områden.
Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både muntligt och skriftligt, är nödvändig för ett framgångsrikt samarbete inom forskargruppen och med externa samarbetspartners.
Vi värdesätter ansvarstagande, flexibilitet, självständighet och en konstruktiv inställning till lagarbete. Erfarenhet av arbete i tvärvetenskapliga eller internationella forskningsmiljöer är meriterande. Vi lägger även stor vikt vid personlig lämplighet.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.


Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.

Läs mer om forskargruppen du kommer vara en del av här
Läs mer om Institutionen för klinisk neurovetenskap här
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet!