Doktorandplats inom AI för pan cancer terapiresistens
Karolinska InstitutetPublicerad: 2026-06-03
Ansök senast: 2026-06-24
Beskrivning
Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Forskargruppen jobbar med både grund-och translationell forskning med fokus på embryonala nervtumörer. Gruppen är belägen på BioClinicum i Stockholm och är knutet till avdelningen för barncancerforskning i Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Karolinska Institutet. Baryawnos grupp består av 2 doktorander och en postdok, och ingår i en gruppkonstellation med professor Per Kogner, docent John Inge Johnsen och docent Malin Wickström. Gruppen består totalt av 12 doktorander och postdoktorer. Fokuset för vår forskning är att öka den biologiska förståelsen för den embryonala tumören neuroblastom för att utveckla nya terapier som leder till bättre överlevnad, färre biverkningar och ökad livskvalitet. Vi använder grundläggande, translationella och kliniska tillvägagångssätt i vår forskning, inklusive enkelcellteknologier, bioinformatik, immunologi och molekylärbiologi samt funktionell analys och utveckling av prekliniska djur- och in vitro-modeller.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandprojektet syftar till att utveckla och tillämpa moderna maskininlärnings- och djupinlärningsmetoder som integrerar molekylära, histopatologiska och kliniska data för att angripa två av de mest angelägna problemen inom cancervården: terapiresistens och metastasering. Avhandlingen är uppdelad i tre kompletterande delstudier:
Doktorandkandidaten kommer i första hand att handledas av Dr Ninib Baryawno, i nära samarbete med Francisco J. Peña (expert inom AI utveckling) på Kungliga Tekniska Högskolan. Mer information om arbetet från laboratoriet finns i senaste publikationerna (Baryawno et al., Cell 2019; Kfoury, Baryawno et al., Cancer Cell 2021; Verhoeven et al., Cell Reports Medicine 2022; Alchahin et al., Nature Communications 2022; Olsen et al., JCI Insight 2022; Olsen et al., Molecular Cancer 2024).
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.
Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
A) Grundläggande behörighetskrav
Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*
Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.
B) Särskilt behörighetskrav
Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).
Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.
Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Vi söker en högt motiverad kandidat med stark kvantitativ profil och ett genuint intresse för cancerforskning. Doktorandkandidaten bör ha en masterexamen (eller liknande på avancerad nivå dvs minst 240 högskolepoäng) i datavetenskap, data science, bioinformatik, beräkningsbiologi, medicinsk teknik eller annat närliggande kvantitativt ämne.
Nödvändigt:
Meriterande:
Förmågan att arbeta med människor från olika bakgrunder och bidra konstruktivt till ett tvärvetenskapligt projektteam är nödvändig. Tidigare våtlabbserfarenhet krävs inte; tjänsten är genomgående beräkningsmässig.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.
Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.
Din ansökan ska innehålla dessa dokument:
- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.
Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:
- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning
Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.
https://ki.se/en/people/n-baryawno
https://baryawnolab.com/
https://ki.se/en/about/yourcareer-continues-here
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Forskargruppen jobbar med både grund-och translationell forskning med fokus på embryonala nervtumörer. Gruppen är belägen på BioClinicum i Stockholm och är knutet till avdelningen för barncancerforskning i Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Karolinska Institutet. Baryawnos grupp består av 2 doktorander och en postdok, och ingår i en gruppkonstellation med professor Per Kogner, docent John Inge Johnsen och docent Malin Wickström. Gruppen består totalt av 12 doktorander och postdoktorer. Fokuset för vår forskning är att öka den biologiska förståelsen för den embryonala tumören neuroblastom för att utveckla nya terapier som leder till bättre överlevnad, färre biverkningar och ökad livskvalitet. Vi använder grundläggande, translationella och kliniska tillvägagångssätt i vår forskning, inklusive enkelcellteknologier, bioinformatik, immunologi och molekylärbiologi samt funktionell analys och utveckling av prekliniska djur- och in vitro-modeller.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandprojektet syftar till att utveckla och tillämpa moderna maskininlärnings- och djupinlärningsmetoder som integrerar molekylära, histopatologiska och kliniska data för att angripa två av de mest angelägna problemen inom cancervården: terapiresistens och metastasering. Avhandlingen är uppdelad i tre kompletterande delstudier:
- Pan-cancer terapiresistens. Representationsinlärning över storskaliga farmakogenomiska, transkriptomiska och kliniska datasamlingar för att identifiera återkommande mönster av behandlingssvikt i såväl vuxencancer, och för att föreslå mekanismer som kan utgöra terapeutiska angreppspunkter.
- Pan-cancer metastasering. Bidrag till multimodala AI-modeller som förutsäger metastasrisk och metastaseringsförlopp utifrån molekylära och kliniska variabler, baserat på gruppens pågående arbeten.
- Pan-pediatrisk onkologisk grundmodell (foundation model). Förträning av en grundmodell på helgenomsekvensering, helt-transkriptom, metylering och digital histopatologi över pediatriska solida tumörer, och finjustering för prediktion av terapirespons.
Doktorandkandidaten kommer i första hand att handledas av Dr Ninib Baryawno, i nära samarbete med Francisco J. Peña (expert inom AI utveckling) på Kungliga Tekniska Högskolan. Mer information om arbetet från laboratoriet finns i senaste publikationerna (Baryawno et al., Cell 2019; Kfoury, Baryawno et al., Cancer Cell 2021; Verhoeven et al., Cell Reports Medicine 2022; Alchahin et al., Nature Communications 2022; Olsen et al., JCI Insight 2022; Olsen et al., Molecular Cancer 2024).
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.
Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
A) Grundläggande behörighetskrav
Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.
*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.
B) Särskilt behörighetskrav
Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:
- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).
Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.
Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Vi söker en högt motiverad kandidat med stark kvantitativ profil och ett genuint intresse för cancerforskning. Doktorandkandidaten bör ha en masterexamen (eller liknande på avancerad nivå dvs minst 240 högskolepoäng) i datavetenskap, data science, bioinformatik, beräkningsbiologi, medicinsk teknik eller annat närliggande kvantitativt ämne.
Nödvändigt:
- Goda programmeringsfärdigheter i Python samt dokumenterad erfarenhet av att arbeta reproducerbart (Git, versionshantering, skriptade pipelines, tydlig dokumentation).
- Solid grund i maskininlärning och praktisk erfarenhet av minst ett modernt ramverk för djupinlärning (PyTorch, TensorFlow eller JAX).
- Vana att hantera stora, heterogena och verklighetsnära datamängder, inklusive saknade värden, confounders, batch-effekter och klassobalans.
- Förmåga att arbeta självständigt, kommunicera tydligt på engelska och samarbeta effektivt över disciplingränser.
Meriterande:
- Erfarenhet av representationsinlärning (kontrastiv inlärning, autoencoders, masked modelling), multimodala modeller eller grundmodeller (foundation models) för biomedicinska data.
- Tidigare forskningsexponering mot onkologi, biomedicin eller kliniska data; vana vid högpresterande beräknings-/GPU-miljöer.
Förmågan att arbeta med människor från olika bakgrunder och bidra konstruktivt till ett tvärvetenskapligt projektteam är nödvändig. Tidigare våtlabbserfarenhet krävs inte; tjänsten är genomgående beräkningsmässig.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.
Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.
Din ansökan ska innehålla dessa dokument:
- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.
Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:
- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning
Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.
https://ki.se/en/people/n-baryawno
https://baryawnolab.com/
https://ki.se/en/about/yourcareer-continues-here
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet
