Doktorandplats inom adipocyt-systembiologi

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Rydén- och Mejhert-laboratoriet undersöker hur förändringar i fettvävens funktion bidrar till kardiometabola sjukdomar, inklusive typ 2-diabetes, dyslipidemi och ateroskleros. Vår grupp av postdoktorer, doktorander, masterstudenter och teknisk personal bedriver translationell forskning med fokus på kliniska interventionsstudier som följs upp mekanistiskt. Vi har tillgång till toppmoderna faciliteter, inklusive ett omfattande prekliniskt laboratorium vid KI Campus Solna (Biomedicum) och en dedikerad klinisk forskningsenhet vid Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge, vilket möjliggör integration från grundvetenskap till klinisk tillämpning.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Vi söker en mycket motiverad doktorand till vårt laboratorium. Doktorandprojektet kommer att fokusera på att förstå hur post-transkriptionell genreglering formar cellulär identitet och metabol funktion i vit fettväv. Projektet syftar särskilt till att kartlägga hur alternativ polyadenylering reglerar genuttryck i olika celltyper och hur dessa mekanismer påverkar metabol hälsa och sjukdom.

Genom att använda storskaliga RNA-sekvenseringsdata kommer studenten initialt att utveckla beräkningsmetoder för att kvantifiera APA-dynamik. Detta inkluderar att bygga analytiska ramverk för att modellera isoformval och rekonstruera cellulära förändringsprocesser drivna av post-transkriptionell reglering. Med dessa metoder som grund kommer studenten att generera en integrerad atlas över APA i human fettväv och identifiera celltypsspecifika förändringar kopplade till metabola tillstånd såsom fetma och viktnedgång.

Baserat på dessa resultat kommer kandidatgener och regulatorer av APA att identifieras och funktionellt studeras i modeller av humana adipocyter. Med hjälp av genetiska perturbationsmetoder såsom CRISPR/Cas9-baserad genreglering kommer studenten att undersöka hur dessa faktorer påverkar APA och därigenom cellulär funktion. Avläsningar kommer att inkludera 3'-RNA-sekvensering för att analysera förändringar i polyadenylering, samt funktionella analyser av lipidackumulering och hormonreglerade processer.

På detta sätt integrerar projektet storskaliga dataanalyser med mekanistiska experiment i humana adipocyter för att direkt koppla alternativ polyadenylering till metabol funktion. Studenten kommer att arbeta i en tvärvetenskaplig och internationell forskningsmiljö och kommer att få en bred utbildning inom bioinformatik och experimentella metoder.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande(A)och det särskilda(B)behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidanBedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidanEnglish language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Den ideala kandidaten bör ha en stark bakgrund inom molekylär och cellulär biologi samt bioinformatik. Tidigare forskningserfarenhet förväntas. Ett intresse för att utveckla och tillämpa beräkningsmetoder för analys av omik-data är särskilt värdefullt, då projektet innefattar utveckling av analytiska ramverk för att studera alternativ polyadenylering och genreglering i human fettväv.

Kandidaten bör även vara motiverad att integrera storskalig dataanalys med biologisk tolkning och experimentell validering. Ett intresse för RNA-biologi, genreglering och metabol forskning är viktigt, eftersom projektet syftar till att koppla post-transkriptionella mekanismer till adipocytfunktion och kardiometabol sjukdom. Erfarenhet av programmering (till exempel i R eller Python) är nödvändig, då projektet omfattar hantering och analys av single-cell RNA-sekvenseringsdata samt utveckling av beräkningspipeline.

Stark analytisk förmåga och problemlösningsförmåga är viktiga, liksom förmågan att hantera komplexa dataset och omsätta resultat till testbara biologiska hypoteser. Erfarenhet av experimentella metoder såsom cellodling, genetisk perturbation (t.ex. CRISPR/Cas9-medierad geneditering) eller RNA-sekvensering är meriterande, då projektet även innefattar funktionell validering i humana adipocyter.

Vi söker en person som kan arbeta självständigt men också trivs i en samarbetsinriktad och multidisciplinär miljö. God kommunikationsförmåga, en proaktiv attityd och entusiasm för tvärvetenskaplig och translationell forskning är avgörande.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (seAovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (seBovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Mikael Rydén & Niklas Mejhert lab | Karolinska Institutet
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet