Doktorandplats i immunmetabolism för terapier mot alfavirus

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Systems Virology Lab och Center for Systems Infection Biology vid institutionen för laboratoriemedicin, Karolinska Institutet, är ledande inom förståelsen av hur virus interagerar med den mänskliga värden på systemnivå. Genom att kombinera banbrytande metoder inom enkelcells- och spatial multiomik med avancerade experimentella modeller såsom humana organoider kartlägger gruppen de molekylära och cellulära mekanismer som styr viral patogenes, immunundvikande och sjukdomsförlopp.

Vår forskning omfattar ett brett spektrum av kliniskt relevanta virus, med särskilt fokus på retrovirus och arbovirus, och undersöker hur dynamiken mellan värd och virus formar sjukdomsförloppet i olika vävnader. Genom att förena beräkningsbaserad systembiologi med noggrann experimentell virologi omvandlar vi komplexa biologiska data till mekanistiska insikter med direkt relevans för terapeutisk och diagnostisk innovation.

Gruppen är baserad vid ett av världens ledande medicinska universitet och erbjuder en internationell, samarbetsinriktad och intellektuellt ambitiös miljö där forskare i början av karriären ges möjlighet att utvecklas till självständiga forskare och bidra till forskning som gör skillnad. Gruppen koordinerar och deltar i flera EU-projekt och finansieras av Vetenskapsrådet och andra finansiärer.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandprojektet Immunometabolic Engineering for Next-Generation Alphavirus Therapeutics (DC12) är en del av MERIT MSCA Doctoral Network vid Karolinska Institutet.

Alfavirus, däribland chikungunyavirus (CHIKV), orsakar akut sjukdom och ofta ihållande, invalidiserande muskuloskeletala symtom, men i dagsläget saknas specifika antivirala behandlingar. Dessa virus omprogrammerar värdcellens metabolism för att stödja sin replikation, samtidigt som de stör immun- och inflammationssvaret. Detta doktorandprojekt kombinerar humana iPSC-baserade modeller, multiomik, metabol modellering, avancerad mikroskopi och organoider för att kartlägga de immunometabola förändringar som alfavirus ger upphov till och för att identifiera nya värdriktade behandlingar.

Som DC12 kommer du att undersöka hur alfavirusinfektion förändrar cellernas metabolism och immunsvar, och avgöra om dessa förändringar kan utnyttjas terapeutiskt. Dina mål är att (1) kartlägga den tidsmässiga immunopatogenesen vid alfavirusinfektion i iPSC-baserade makrofager och identifiera dynamiska förändringar i cellmetabolism, antivirala svar och inflammatorisk signalering under infektionen, (2) identifiera behandlingsbara värdriktade måltavlor genom att integrera experimentella multiomikdata med beräkningsbaserad och genomskalig metabol modellering, och (3) validera prioriterade måltavlor i humana neuronala organoidmodeller och utvärdera deras potential att begränsa virusinfektion och bevara vävnadsfunktion. Projektet ger utbildning i gränslandet mellan virologi, immunometabolism, stamcellsbiologi, organoidteknik, systembiologi, avancerad mikroskopi och beräkningsbaserad modellering.

Du kommer att handledas av Dr. Ujjwal Neogi (huvudhandledare) och Dr. Iva Filipovic. Planerade utbytesvistelser (secondments) inom MERIT-nätverket omfattar avancerad mikroskopi och superupplösningsmikroskopi hos prof. Balpreet Singh Ahluwalia (Universitetet i Oslo, Norge) och humana neuronala organoidmodeller hos Dr. Adithya Sridhar (Amsterdam UMC, Nederländerna). Dessutom kommer du att delta i vetenskapliga möten, workshops, utbildning i överförbara färdigheter och nätverksaktiviteter inom hela MERIT-nätverket.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Vi söker en mycket motiverad kandidat med ett starkt intresse för virus-värd-interaktioner, molekylär virologi, immunologi och cellbiologi. Sökanden ska ha:

• Utmärkt kommunikationsförmåga i tal och skrift på engelska (lägst nivå C1/C2 enligt CEFR)
• Ytterligare behörighetskrav inom MSCA Doctoral Network: Utöver Karolinska Institutets behörighetskrav för utbildning på forskarnivå måste sökande uppfylla MSCA Doctoral Networks behörighetsvillkor. Vid rekryteringsdatumet får den sökande inte inneha en doktorsexamen och måste uppfylla MSCA:s mobilitetsregel: den sökande får inte ha varit bosatt eller bedrivit sin huvudsakliga verksamhet (arbete, studier etc.) i Sverige i mer än 12 månader under de 36 månader som omedelbart föregår rekryteringsdatumet.

Meriterande:

• Erfarenhet av däggdjurscellsodling och/eller iPSC-baserade cellmodeller
• Erfarenhet av organoider eller andra avancerade 3D-odlingssystem
• Erfarenhet av virologi och studier av virus-värd-interaktioner
• Erfarenhet av molekylär- och cellbiologi
• Erfarenhet av fluorescens- och konfokalmikroskopi
• Kännedom om transkriptomik, proteomik, metabolomik eller annan omik-teknik samt kunskaper i R-programmering

Personliga egenskaper:

• Ett starkt intresse för virus-värd-interaktioner, immunometabolism och nya virussjukdomar
• Trivs med att arbeta över disciplingränser och att kombinera experimentell biologi med avancerade analytiska metoder
• Utmärkt kommunikations- och organisationsförmåga samt förmåga att arbeta både självständigt och i samarbete
• Stark motivation att delta i ett internationellt, tvärvetenskapligt forskningsnätverk

Personlig lämplighet, motivation att genomgå forskarutbildning, vetenskaplig nyfikenhet och förmåga att samarbeta effektivt kommer att vara viktiga i den samlade bedömningen.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.


Ansökan
OBS: Du måste ansöka både på MERITs webbplats ( https://www.merit-eu.org/careers) och på Karolinska Institutets webbplats. Din ansökan betraktas som komplett först efter att båda ansökningarna gjorts.

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi och Euraxess. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.

The Systems Virology Lab - Ujjwal Neogi

Center for Systems Infection Biology
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet