Doktorand inom virus–värdinteraktioner och immunmetabolism

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Doktoranden kommer att ansluta sig till Systems Virology Lab, Avdelningen för klinisk mikrobiologi, Institutionen för laboratoriemedicin vid Karolinska Institutet, och kommer att delta i MERIT Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Doctoral Network.

Vår forskning fokuserar på virus-värdinteraktioner och de molekylära mekanismer som reglerar antiviralt immunförsvar, immunundvikande, immunometabolism och cellulär homeostas. Vi kombinerar molekylär och cellulär virologi med avancerade experimentella modeller och systembiologiska angreppssätt för att undersöka hur virus omprogrammerar värdceller och hur dessa processer påverkar viral patogenes och sjukdom. Doktoranden kommer att arbeta i en multidisciplinär och internationell forskningsmiljö och ha nära samarbete med forskare inom Center for Systems Infection Biology och det bredare MERIT-nätverket.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Projektet, "Mechanisms of PLpro-mediated host-cell reprogramming in SARS-CoV-2 infection and persistence" (DC14), kommer att undersöka hur SARS-CoV-2:s papainliknande proteas (PLpro) förändrar värdcellens funktioner genom sina deISGylerande, deubikvitinerande och bredare immunmodulerande aktiviteter.

ISG15 är en interferonstimulerad ubiquitinliknande modifierare som är involverad i antiviralt immunförsvar och reglering av cellulära processer, inklusive metabolism och mitokondriell funktion. Projektet kommer att undersöka hur PLpro-medierad modulering av ISG15- och ubiquitinberoende signalvägar påverkar antiviral signalering och värdcellens metabolism, samt hur dessa förändringar påverkar SARS-CoV-2-infektion och persistens i fysiologiskt relevanta experimentella modeller.

Doktoranden kommer att:
• definiera hur PLpro-medierad modulering av värdcellens ubiquitin- och ubiquitinliknande signalvägar, med särskilt fokus på deISGylering, omprogrammerar värdcellens metabolism och antivirala signalering under SARS-CoV-2-infektion genom molekylära, biokemiska och cellulära angreppssätt,
• fastställa hur PLpro-driven omprogrammering av värdcellen påverkar SARS-CoV-2-persistens i fysiologiskt relevanta modeller, inklusive organoidmodeller av tarm och lunga, samt
• undersöka bredare konsekvenser av PLpro-medierad persistens, inklusive kopplingar till kronisk inflammation och neuroinflammation, med hjälp av avancerade organoidmodeller och patientmaterial där så är lämpligt.

Doktoranden kommer att handledas direkt av Dr. Soham Gupta (huvudhandledare) och Dr. Magdalini Lourda. Projektet genomförs i nära samverkan med det bredare teamet vid Center for Systems Infection Biology, inklusive nätverkets PIs Dr. Ujjwal Neogi och Dr. Iva Filipovic, vilket ger tillgång till kompletterande expertis inom single-cell-tekniker, spatial multi-omics och immunmetabolisk engineering.

Utbildning och internationella secondments: En central del av MSCA Doctoral Network är internationell och tvärvetenskaplig utbildning. Planerade secondments omfattar komplexa vävnads- och barriärmodeller med Dr. Adithya Sridhar, Amsterdam UMC, Nederländerna, samt analys av metabola förändringar med Prof. Gisa Gerold, Medical University of Innsbruck, Österrike. Doktoranden kommer även att delta i MERIT-gemensamma vetenskapliga möten, praktiska workshops och utbildning i överförbara färdigheter.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Därutöver erbjuder tjänsten deltagande i ett internationellt MSCA Doctoral Network, inklusive forskningssecondments, nätverksgemensam vetenskaplig utbildning, kurser i överförbara färdigheter och samarbete med akademiska och icke-akademiska partner i Europa.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Ytterligare behörighetskrav inom MSCA Doctoral Network: Utöver Karolinska Institutets behörighetskrav för utbildning på forskarnivå måste sökande uppfylla MSCA Doctoral Networks behörighetsvillkor. Vid rekryteringsdatumet får den sökande inte inneha en doktorsexamen och måste uppfylla MSCA:s mobilitetsregel: den sökande får inte ha varit bosatt eller bedrivit sin huvudsakliga verksamhet (arbete, studier etc.) i Sverige i mer än 12 månader under de 36 månader som omedelbart föregår rekryteringsdatumet.
Färdigheter och personliga egenskaper
Vi söker en mycket motiverad kandidat med ett starkt intresse för virus-värdinteraktioner, molekylär virologi, immunologi och cellbiologi. Den sökande bör ha:
• relevanta teoretiska och/eller experimentella kunskaper inom molekylärbiologi, cellbiologi, virologi, immunologi, biokemi eller ett närliggande område,
• erfarenhet av laboratoriebaserad biomedicinsk forskning,
• god analytisk förmåga och problemlösningsförmåga,
• förmåga att arbeta både självständigt och i samarbete i en multidisciplinär och internationell forskningsmiljö, samt
• god förmåga att kommunicera vetenskapligt i tal och skrift.

Erfarenhet inom ett eller flera av följande områden är särskilt meriterande:
• proteinbiokemi: proteinhantering, Western blot, funktionella enzymanalyser/kinetik eller analys av protein-proteininteraktioner,
• cell- och molekylärbiologi: odling av däggdjursceller, molekylär kloning, reporteranalyser eller analys av cellulära signalvägar,
• avancerade cellmodeller: primärceller, 3D-kulturer, organoider eller iPSC-baserade modeller,
• virologi och molekylär immunologi: virus-värdinteraktioner, antiviralt immunförsvar, medfödd immunsignalering eller celltypsspecifika värdsvar,
• histologi och avbildning: vävnadsbearbetning, immunhistokemi, multiplex immunofluorescens, in situ-metoder eller konfokalmikroskopi, samt
• kvantitativ analys/dataanalys: analys av bilddata, transkriptomik, proteomik eller andra biologiska dataset.

Personlig lämplighet, motivation för forskarutbildning, vetenskaplig nyfikenhet och förmåga att samarbeta effektivt kommer att vara viktiga i den samlade bedömningen.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.


Ansökan
OBS: Du måste ansöka både på MERITs webbplats ( https://www.merit-eu.org/careers) och på Karolinska Institutets webbplats. Din ansökan betraktas som komplett först efter att båda ansökningarna gjorts.

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi och Euraxess. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander. Anställning och lön administreras i enlighet med Karolinska Institutets gällande regler och de bestämmelser som är relevanta för MERIT MSCA Doctoral Network.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet