Forskningsassistent för digital patologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik bedriver forskning inom epidemiologi och biostatistik inom ett brett spektrum av områden inom biomedicinsk vetenskap. Institutionen är bland de största i sitt slag i Europa och har särskilt starka forskningsprofiler inom psykiatrisk, cancer-, reproduktions-, pediatrisk, farmakologisk, genetisk och geriatrisk epidemiologi, ätstörningar och biostatistik. Vår institution består av forskare, doktorander, biostatistiker, datainsamlare och databasadministratörer samt administrativ personal, totalt cirka 270 anställda. Institutionen är belägen på campus Solna. Mer information finns påki.se/en/meb.

Forskargruppen är ansluten till det nationella programmet Data Driven Life Sciences (DDLS) och SciLifeLab (https://www.scilifelab.se/researchers/kimmo-kartasalo/). Vi bedriver internationell spetsforskning inom beräkningspatologi och artificiell intelligens (AI). Mer specifikt har gruppen i flera år arbetat med AI-baserade modeller för att hjälpa patologer i deras bedömning av prostatabiopsier.

Gruppens kärnkompetenser inkluderar storskalig bildbehandling och analys, utveckling av djupinlärningsbaserade AI-algoritmer och effektivt utnyttjande av superdatorsystem. Våra bakgrunder sträcker sig från datavetenskap och matematik till bioteknik och medicin, och vi anammar en mycket kollegial och flexibel arbetskultur.
Din roll
Projektets mål är att utveckla och utvärdera metoder inom artificiell intelligens (AI) för beräkningspatologi. Projektet fokuserar särskilt på att träna och validera en vision transformer-baserad grundmodell (foundation model, FM) med hjälp av stora samlingar av digitaliserade prostatabiopsier. Den utvecklade prostataspecifika grundmodellen kommer att jämföras med ledande foundation models som tränats på flera olika organ och sjukdomsområden.

Den framgångsrika kandidaten kommer att bidra till forskningsaktiviteter som omfattar modellutveckling, implementering, beräkningsoptimering och storskalig databehandling. Du kommer att arbeta nära forskare inom datavetenskap, statistik och biomedicin och stödja utvecklingen och utvärderingen av AI-metoder för kliniskt relevanta tillämpningar inom prostatacancer. Projektet kommer att undersöka nedströmsuppgifter som är relevanta för prostatacancerpatienters behandling och uppföljning, inklusive cancerdetektion, gradering och prognostisk prediktion. Datainsamling och förbehandling som krävs för projektet har redan genomförts.

Dina arbetsuppgifter kommer att inkludera:
1. Bidra till utveckling och träning av en prostataspecifik foundation model för digital patologi.
2. Etablera och underhålla pipelines för utvärdering av modellen på kliniskt relevanta nedströmsuppgifter.
3. Jämföra den utvecklade modellen med state-of-the-art foundation models och rapportera resultaten.
4. Stödja storskaliga beräkningsexperiment med GPU-baserad beräkningsinfrastruktur.

Anställningen är en tidsbegränsad heltidsanställning på 3 månader (juli 2026 - september 2026).
Vem är du?
Den sökande förväntas ha följande kompetenser och erfarenheter:

• Erfarenhet av att bearbeta helslidsbilder (whole slide images, WSI) från Leica-, Hamamatsu-, Philips- och Grundium-skannrar med hjälp av bibliotek såsom OpenSlide eller OpenPhi.
• Erfarenhet av att träna patologiska foundation-modeller, särskilt för tillämpningar inom prostatacancer.
• Kunskap om parallellberäkning, GPU-programmering, CUDA eller beräkningsoptimering.
• Erfarenhet av hantering och analys av storskaliga datamängder.
• Erfarenhet av arbete i Linux-miljöer.
• Goda kunskaper i Python.
• Erfarenhet av versionshanteringsverktyg, exempelvis Git.
• Förmåga att arbeta både självständigt och i samarbete med andra.
• God förmåga att kommunicera på engelska.

Följande kompetenser och erfarenheter är meriterande:

• Praktisk erfarenhet av självövervakad träning (self-supervised learning) med DINO-/iBOT-baserade vision transformers.
• Erfarenhet av statistisk modellering, sannolikhetsteori eller biostatistik.
• Kunskap om och intresse för patologi, onkologi eller andra relevanta medicinska områden.
• Internationell och tvärvetenskaplig forskningserfarenhet.

Övriga kunskaper inom biomedicin, digital patologi eller datavetenskap är meriterande. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper i denna rekrytering. Den framgångsrika kandidaten ska vara kommunikativ, ansvarstagande, noggrann, strukturerad och resultatorienterad i sitt arbete.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan
KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss