Doktorandtjänst inom spatial proteomik vid mitokondriella sjukdomar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Du kommer att arbeta i forskargruppen "Proteomes of Metabolism", som leds av biträdande lektor Florian Rosenberger, inom avdelningen för molekylär metabolism vid MBB. Gruppen utvecklar och tillämpar den senaste tekniken inom encellsproteomik, bland annat Deep Visual Proteomics, för att besvara en grundläggande fråga: varför påverkar metabola sjukdomar, särskilt mitokondriella defekter, olika celltyper på olika sätt?

Gruppen är tvärvetenskaplig och består av postdoktorer, doktorandkollegor, en forskningsingenjör och en klinisk forskare. Vi ingår i avdelningen för molekylär metabolism, fem forskargrupper inom metabolism och mitokondriebiologi, med gemensamma seminarier och journal clubs varje vecka. Gruppen är också en del av SciLifeLab, vilket ger tillgång till en teknikmiljö nära translation till klinik, bioteknik och industri. Bihandledare är Charlotte Stadler, docent och chef för den nationella faciliteten för spatial proteomik vid SciLifeLab, som bidrar med lång erfarenhet av antikroppsbaserad och multiplexad avbildning, samt Nils-Göran Larsson, professor vid MBB och internationellt ledande inom mitokondriell genetik, som tillhandahåller de etablerade musmodellerna av mitokondriell sjukdom.

Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik (MBB) är en av de största institutionerna vid Karolinska Institutet och fokuserar på grundforskning inom biomedicin. Vi har en lång och stolt tradition av banbrytande forskning, särskilt när det gäller att utveckla innovativa metoder och tillämpa dem för att förstå grundläggande mänsklig biologi och sjukdomsmekanismer.

MBB ligger i det vackra forskningscentret Biomedicum tillsammans med fyra andra institutioner. Här blir du del av en levande forskningsmiljö med över tusen forskare, förstklassiga faciliteter och en unik bredd av kompetenser. Biomedicum ligger nära både Karolinska Universitetssjukhuset (för kliniska samarbeten) och Science for Life Laboratory, en nationell forskningsinfrastruktur med unika teknologier.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Mitokondriella sjukdomar uppvisar en paradox: identiska mutationer kan ge mycket olika kliniska sjukdomsbilder. Orsaken till denna kliniska variation är fortfarande okänd, eftersom dagens metoder inte kan följa cellulär dysfunktion medan den utvecklas i intakt vävnad. Doktoranden kommer att använda spatial encellsproteomik tillsammans med en etablerad musmodell av mitokondriell sjukdom, där genetiskt identiska celler skiljer sig åt i graden av mitokondriell dysfunktion.

Genom att kombinera Deep Visual Proteomics (high-content-avbildning, AI-styrd segmentering, lasermikrodissektion och ultrakänslig masspektrometri) med multiplexad avbildning av OXPHOS-komplexen kommer doktoranden att (1) bygga en OXPHOS-stratifierad, multimodal atlas av musmodellen och (2) kartlägga hur cellens subcellulära organisation förändras längs ett sjukdomsförlopp, med hjälp av djupinlärningsbaserad bildanalys.

Doktoranden driver båda projektdelarna med successivt ökande självständighet, från metodutveckling och validering under de första åren till självständig tillämpning och integrering av hela pipelinen. I arbetsuppgifterna ingår våtlabbsarbete såsom histologi och multiplexad infärgning, avbildning, bildanalys och bioinformatisk dataanalys, beräkningsmässig metodutveckling, manusskrivande samt deltagande i doktorandkurser, journal clubs och konferenser. Doktoranden blir en del av en mycket samarbetsinriktad och internationell miljö, med nära samspel mellan experimentellt och beräkningsmässigt arbete. Arbetsspråket är engelska.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Nödvändiga kvalifikationer:

• Masterexamen i molekylärbiologi, bioteknik, bioinformatik eller ett närliggande område.
• Våtlabbsfärdigheter i molekylärbiologiska metoder.
• Erfarenhet av histologi och (immun)infärgning.
• Bakgrund inom bioinformatik och/eller bildanalys.
• Programmeringsfärdigheter i Python.
• Dokumenterad erfarenhet av versionshanterad, välorganiserad kodutveckling (t.ex. GitHub); bifoga en länk till ett kodförråd du har bidragit till.
• Erfarenhet av att tolka biologiska data och pröva hypoteser experimentellt.
• Stark motivation för tvärvetenskaplig teknikutveckling och kreativ problemlösning.
• God samarbets- och kommunikationsförmåga.

Meriterande:

• Maskininlärning, särskilt djupinlärning för bildanalys.
• Erfarenhet av masspektrometribaserad proteomik, proteomikdataanalys eller Deep Visual Proteomics.
• Bakgrund inom musgenetik eller arbete med musmodeller.
• Kunskap inom mitokondriebiologi eller metabola sjukdomar.
• Dokumenterad erfarenhet av samarbete, till exempel sampublikationer, gemensamma kodprojekt eller bidrag till teambaserad forskning.

Stor vikt läggs vid personlig lämplighet. Vi söker en motiverad, kreativ och nyfiken kollega med ett starkt intresse för tvärvetenskaplig forskning, som kan arbeta självständigt och samtidigt bidra positivt till en samarbetsinriktad grupp.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.


Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae (CV)
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
- En länk till ett kodförråd du har bidragit till (t.ex. GitHub)
- En uppgift på max 300 ord (se nedan):

Uppgift

Sökande ska lämna in ett svar på max 300 ord, inklusive en egen figur eller skiss, på följande uppgift:

Välj en forskningsartikel som är relevant för metabolism, mitokondriebiologi, proteomik och/eller avbildning. Beskriv med egna ord vad som gjordes och vad huvudfyndet var. Motivera varför du valde just denna artikel och vad du tycker är spännande med den.

Föreslå sedan ett konkret uppföljande experiment som bygger vidare på detta fynd. Vad skulle du mäta, och vilket resultat skulle stödja artikelns slutsats respektive utmana den? Din enkla figur ska illustrera detta föreslagna experiment, inte återge en figur från artikeln själv.

Obs: Det är viktigt att ditt eget språk och resonemang, och inte en språkmodells (LLM), syns tydligt. Detta uppnås bäst genom figuren du skapar själv.
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.

För mer information om forskargruppen och institutionen, besök:

- Rosenbergers forskargrupp: https://ki.se/en/research/research-areas-centres-and-networks/research-groups/proteomes-of-metabolism-florian-rosenbergers-research-group

- Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik: https://ki.se/en/mbb/research
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet