Doktorandplats inom utvecklingsneurovetenskap

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Anställningen är placerad i Eric Herlenius forskargrupp vid Institutionen för kvinnors och barns hälsa och Centrum för molekylär medicin, Karolinska Institutet. Michael Hagemann-Jensen kommer att vara biträdande handledare. Herlenius forskargrupp studerar utveckling och dysfunktion av kardiorespiratorisk och autonom kontroll, med särskilt fokus på hur hjärnstammens neurala nätverk, inflammation och inflammatorisk signalering bidrar till andningsstörningar hos nyfödda och barn. Genom att integrera patientstudier med djurmodeller och in vitro-modeller strävar gruppen efter att identifiera de molekylära och neurala utvecklingsmekanismer som ligger bakom respiratorisk dysfunktion samt att omsätta resultaten i förbättrade biologiska och fysiologiska markörer, diagnostik och behandlingsstrategier.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandprojektet syftar till att undersöka den perinatala utvecklingen och regleringen av livsviktiga kardiorespiratoriska neurala nätverk i hjärnstammen. Projektets övergripande mål är att definiera cellulära och molekylära mekanismer som styr andningsutvecklingen, inklusive effekterna av inflammation och förlossningsrelaterade övergångar på dessa nätverk.

Studierna kommer att kombinera gnagarmodeller och organoidkulturer med avancerade molekylära metoder, inklusive enkelcells-RNA-sekvensering, med särskilt fokus på Smart-seq3xpress, spatial transkriptomik med plattformarna Xenium, MERSCOPE och TRISCO, samt tredimensionell RNA-avbildning. En central del av projektet kommer att vara beräkningsmässig analys och integrering av enkelcells- och spatiala transkriptomikdata.

Doktoranden kommer att arbeta med redan etablerade och nygenererade dataset i en starkt samarbetsinriktad och tvärvetenskaplig miljö med kompletterande kompetens inom enkelcells- och spatial genomik, utvecklingsneurovetenskap och kardiorespiratorisk fysiologi. Projektet är särskilt väl positionerat för att undersöka hur cellulära tillstånd, genreglerande program och vävnadskontext samverkar under normal utveckling och vid sjukdom, samt för att identifiera mekanistiska samband mellan molekylär dysreglering och fysiologisk dysfunktion.

Doktoranden förväntas formulera forskningsfrågor och hypoteser, planera, genomföra och utvärdera experiment, analysera komplexa multimodala dataset, genomföra forskarutbildningskurser, skriva vetenskapliga manuskript samt kommunicera forskningsresultat till både specialiserade och bredare målgrupper. Doktoranden kommer att arbeta nära andra doktorander, postdoktorer och forskare i Herlenius och Hagemann-Jensens forskargrupper.

Tjänsten är särskilt lämplig för en kandidat med starka kunskaper inom bioinformatik och programmering. Doktoranden förväntas utveckla och tillämpa beräkningsmässiga arbetsflöden, inklusive statistiska och djupinlärningsbaserade metoder, för att analysera och integrera data från enkelcells-RNA-sekvensering med spatialt upplöst transkriptomik och vävnadsavbildningsdata. Doktoranden kommer regelbundet att presentera resultat för både breda och specialiserade vetenskapliga målgrupper.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Den sökande ska vara starkt motiverad, nyfiken och ambitiös samt ha förmåga att arbeta både självständigt och i samarbete med andra i en tvärvetenskaplig forskningsmiljö. Den sökande ska ha:

• Relevant akademisk bakgrund inom bioinformatik, beräkningsbiologi, molekylärbiologi, biomedicin, bioteknik, neurovetenskap eller ett närliggande område.
• God förståelse för molekylär- och cellbiologi, inklusive genreglering.
• Erfarenhet av analys av biologiska och/eller genomiska data.
• Erfarenhet av vetenskaplig programmering och dataanalys, exempelvis i R och Python.
• Förmåga att arbeta systematiskt med komplexa dataset och självständigt tillägna sig nya analytiska färdigheter och metoder.
• Mycket god förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska.

Meriterande kvalifikationer

Följande kvalifikationer är meriterande:

• Erfarenhet av beräkningsmässig analys av transkriptomik- eller multi-omikdata, inklusive dataintegration, analys av differentiellt genuttryck, celltypsannotering, trajektorieanalys eller inferens av genreglerande program.
• Erfarenhet av enkelcells-RNA-sekvensering, spatial transkriptomik eller närliggande omikteknologier.
• Erfarenhet av arbete i Linux/Unix-miljöer och med storskaliga sekvenseringsdataset.
• Praktisk erfarenhet av molekylärbiologi, cellbiologi, vävnadshantering, organoidkultur eller avancerad mikroskopi.
• Kunskap inom neurovetenskap, utvecklingsbiologi, kardiorespiratorisk fysiologi eller autonom reglering.
• Tidigare forskningserfarenhet, inklusive deltagande i forskningsprojekt, presentation av vetenskapliga resultat och/eller medverkan i vetenskapliga publikationer.

Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.
Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.

Besök Herlenius forskargrupp

Besök Hagemann-Jensens forskargrupp
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet