Doktorandplats inom Biostokastik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. Våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten.
Forskargruppen
Tjänsten är placerad i Ben Murrells forskargrupp vid MTC, med placering i Biomedicum på Karolinska Institutets campus i Solna. Laboratoriet har arbetat tvärvetenskapligt över hela det experimentella och beräkningsvetenskapliga spektrumet, inom områden som virologi och immunologi och är för närvarande specialiserat på beräkningsbiologi med fokus på att utveckla metoder och tillämpningar av djupinlärning för proteinsekvenser och proteinstrukturer samt på frågor inom fylogenetik.

För en aktuell lista över ämnen som Murrell-laboratoriet arbetar med, vänligen se: https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=I80vy5cAAAAJ&sortby=pubdate och https://staff.ki.se/people/benjamin-murrell.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Projektet omfattar metodutveckling för modellering av biologiska system. De bästa modellerna är ofta kraftfulla men svagt begränsade; de bästa mekanistiska modellerna är ofta tolkningsbara men alltför rigida. Detta projekt kommer att utveckla metoder mellan dessa ytterligheter: tillräckligt flexibla för att lära från moderna biologiska data men tillräckligt strukturerade för att respektera de inneboende begränsningarna i de system de modellerar. I synnerhet kommer vi att arbeta över flera biologiska domäner, från ekologi (dynamik i växtplanktonsamhällen) och fylogenetik till generativa modeller av proteiner.

Doktoranden kommer att:

Arbeta med den teoretiska och matematiska utvecklingen av dessa modelleringsmetoder

Implementera modellerna, träna dem och genomföra beräkningsexperiment för att undersöka deras beteende och prestanda

Samarbeta med experimentella laboratorier (dvs. våtlabb) inom de olika domänerna, där så är lämpligt

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

• Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument: Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Utöver ovan nämnda krav för rollen:

• En exceptionell bakgrund i sannolikhetsteori (inklusive måtteori) och matematisk statistik, särskilt med koppling till stokastiska processer, med dokumenterade bidrag (t.ex. genom betydande författarskap på preprints) till teoretiska publikationer
• Dokumenterad erfarenhet (dvs. publikationer eller preprints) av teori och metoder inom modern djupinlärning och generativ modellering
• Mycket god kännedom (inklusive publikationer eller preprints) om avancerade statistiska modelleringsmetoder (t.ex. Gaussiska processer, tillståndsmodeller med latenta variabler, etc.) och tekniker inom inferentiell statistik, inklusive moderna bayesianska metoder (t.ex. MCMC, HMC) samt klassisk frekventistisk inferens
• Dokumenterad beräkningskompetens (styrkt genom offentligt tillgänglig kod), med vana att använda och utveckla algoritmer, datastrukturer m.m. för att lösa utmanande problem
• Dokumenterad erfarenhet (inklusive publikationer eller preprints) av arbete inom biologiska domäner, samt stark motivation att tillämpa statistiska modeller på biologiska problem
• Kandidaten ska visa vilja att arbeta självständigt och ha stark kommunikationsförmåga för att kunna samarbeta inom ett team

Meriterande för rollen:

• Erfarenhet av programmeringsspråket Julia är mycket meriterande

Den tekniska kompetens som anges ovan kommer att bedömas under intervjuerna.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.
Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla följande dokument:

• Ett personligt brev och curriculum vitae
• Eventuella examensarbeten och publikationer
• Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
• Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
• Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

• Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
• Analytisk skicklighet
• Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://ki.se/en/mtc
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet