Doktorandplats inom djupinlärningsmodellering av cancer

Om jobbet

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Tjänsten är placerad i Avlant Nilssons forskargrupp vid Karolinska Institutet och SciLifeLab. Vi utvecklar mekanistiska AI-modeller av cancerceller för att främja precisionsmedicin. Genom att integrera storskaliga multi-omikdataset (t.ex. metabolomik, transkriptomik och proteomik) med befintlig kunskap om molekylära interaktionsnätverk konstruerar vi tolkbara djupinlärningsmodeller som beskriver mekanismer i cancer på systemnivå.

Gruppens övergripande mål är att skapa en enhetlig modell som beskriver hur olika molekylära processer (signalering, genreglering och metabolism) samverkar för att bestämma cellers beteende. Syftet är att identifiera biomarkörer, nya läkemedelsmål och resistensmekanismer, samt på sikt möjliggöra datorstödd design av precisionsbehandlingar.

Projektet är en del av SciLifeLab och DDLS-programmet (Data-Driven Life Science), vilket ger tillgång till en starkt samarbetsinriktad och tvärvetenskaplig forskningsmiljö samt avancerad beräkningsinfrastruktur, inklusive superdatorn Berzelius.

Huvudhandledare är biträdande lektor Avlant Nilsson och bihandledare är professor Randall S. Johnson vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi.

Information omDDLS-programmetochforskargruppen.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Cancer uppstår genom ackumulation av genetiska och andra förändringar som omformar cellulära nätverk och ger upphov till avvikande fenotyper. Cell metabolismen är mycket dynamisk i cancer, och störningar i cellens metabolism är ett kännetecken för tumörutveckling. Trots att metabolism, signalering och genreglering är sammankopplade har de traditionellt studerats med olika typer av modelleringsramverk. Detta begränsar vår förmåga att förstå hur de samverkar och att exempelvis förutsäga metabola effekter av läkemedel som riktar sig mot cellulär signalering.

I detta doktorandprojekt kommer du att utveckla en enhetlig, nästa generations AI-modell av cancercellen genom att integrera metabolism, signalering och genreglering i ett gemensamt prediktivt ramverk. Arbetet innefattar utveckling av biologiskt begränsade djupinlärningsmodeller, baserade på en ny arkitektur med återkopplade neurala nätverk (RNN), för att beskriva hur molekylära tillstånd utvecklas över tid och ger upphov till cellulära fenotyper.

Projektet omfattar tre huvuddelar:

• Modellutveckling: integrera moduler för cellulära delsystem för att prediktera cellulära tillstånd
• Målidentifiering in silico : predicera metabola sårbarheter och prioritera kandidater för experimentell validering
• Biomarköridentifiering: identifiera molekylära tillstånd kopplade till läkemedelssvar i olika cancerkontexter

Du kommer att arbeta nära vår beräkningsinriktade forskargrupp och samarbetspartners samt bidra till att utforma experiment baserade på modellernas prediktioner.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande(A)och det särskilda(B)behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidanBedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidanEnglish language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Nödvändiga kvalifikationer:

• Stark programmeringsförmåga (t.ex. Python)
• Erfarenhet av versionshantering (t.ex. Git)
• Förmåga att arbeta både självständigt och i team
• God förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska

Meriterande kvalifikationer:

• Bakgrund inom fysik, beräkningsbiologi, maskininlärning, tillämpad matematik eller liknande
• Erfarenhet av djupinlärningsramverk (t.ex. PyTorch, TensorFlow)
• Kunskap inom cancer- och cellbiologi
• Erfarenhet av högdimensionella eller dynamiska system
• Erfarenhet av analys av biologiska eller multi-omics-data

Tidigare erfarenhet av biologi är inte ett krav - vi uppmuntrar särskilt sökande från kvantitativa discipliner. Vår grupp värdesätter mångfald och inkludering, och vi är engagerade i att främja en miljö där alla individer känner sig stärkta att bidra med sina unika perspektiv och färdigheter mot vårt gemensamma mål att utveckla precisionsmedicin inom cancer.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla]

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (seAovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (seBovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet