Doktorand inom deep-learning-baserad bildanalys för RNA terapier

Om jobbet

Avdelning för onkologi, RNA terapier vid cancer

Anders Wittrups grupp (RNA Therapeutics in Cancer) är belägen på Gunnar Nilsson våningen i Kampradhuset i direkt anslutning till onkologkliniken vid SUS Lund. På våningen finns ett flertal labb som huvudsakligen arbetar med primära hjärntumörer. Anders Wittrups grupp arbetar med olika tekniker för att effektivisera RNA leverans till tumörer samt med utvecklande av tekniker för att studera denna process.

Forskargruppen söker nu en doktorand på heltid (100 %) med start den 1a oktober 2026 (eller enligt överenskommelse). Tjänsten är en DDLS-doktorandtjänst inom datadriven cell- och molekylärbiologi. Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som i grunden förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att studera deras molekylära komponenter i tid och rum - från enskilda molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

Om projektet - DDLS

Data-driven life science (DDLS) uses data, computational methods and artificial intelligence to study biological systems and processes at all levels, from molecular structures and cellular processes tohuman health and global ecosystems. The SciLifeLab and Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) aims to recruit and train the next generation of data-driven life scientists and to create globally leading computational and data science capabilities in Sweden. The program is funded with a total of 3.3 billion SEK over 12 years from the Knut and Alice Wallenberg (KAW)Foundation.

In 2026 the DDLS Research School will be expanded with the recruitment of 25 academic and 7 industrial PhD students. During the course of the DDLS program more than 260 PhD students and 200 postdocs will be part of the Research School. The DDLS program has four strategic research areas: cell and molecular biology, evolution and biodiversity, precision medicine and diagnostics, epidemiology and biology of infection. For more information, please see https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

The future of life science is data-driven. Will you be part of that change? Then join us in this unique program!

Arbetsuppgifter

Doktoranden kommer att ansvara för analys av avancerad 4D live-cell-mikroskopidata med fokus på att identifiera och karakterisera sällsynta endosomal escape-händelser. Arbetsuppgifterna omfattar utveckling, träning och validering av deep learning-baserade modeller för händelsedetektion och vesikelspårning, samt integrering av dessa i automatiserade analys- och avbildningsflöden. Arbetet innefattar även hantering och kvantitativ analys av stora bilddatamängder, metodutveckling i nära samarbete med handledare och samarbetspartners, samt biologisk tolkning av resultaten. Därutöver ingår dokumentation, presentation av resultat och medverkan i författande av vetenskapliga publikationer.

Ytterligare arbetsuppgifter kan tillkomma inom tjänstens ram.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

Masterexamen eller motsvarande inom bioinformatik, teknisk fysik, matematik, teknisk matematik, datavetenskap, biomedicin, bioteknik eller annat relevant ämnesområde.

Dokumenterad erfarenhet av programmering eller kvantitativ dataanalys, exempelvis i Python, MATLAB eller liknande miljö.

Starkt intresse för metodutveckling i gränslandet mellan biologi och AI.

Mycket god samarbetsförmåga, vara analytisk och ha god förmåga att arbeta självständigt.

Meriterande:

Utbildning inom datorseende, maskininlärning, deep learning, datorseende, bioinformatik, avancerad mikroskopi, cellbiologi eller RNA-biologi.

Utbildning inom matematisk statistik är också meriterande.

Erfarenhet av deep learning, datorseende eller utveckling av neurala nätverk är meriterande.

Erfarenhet av live-cell-mikroskopi, fluorescensmikroskopi eller analys av 3D/4D-bilddata är meriterande.

Erfarenhet av cellbiologiskt eller molekylärbiologiskt laboratoriearbete, särskilt inom intracellulär trafficking, endosomal biologi eller RNA-leverans, är också meriterande.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§. Önskat startdatum 1a oktober 2026, eller enligt överenskommelse.

Så här söker du

Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller kvalifikationskraven samt varför du är intresserad av anställningen. Ansökan ska även innehålla CV och examensbevis samt övrigt som du önskar åberopa. Minst två referenser med fullständiga kontaktuppgifter.