Forskningsspecialist i human mikrobiomforskning med bioinformatik kompetens

Om jobbet

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. Våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten . På MTC bedrivs internationellt framstående forskning bland annat med fokus på translationell mikrobiomforskning.
Ämnesbeskrivning
Teamet Cultureomics har utvecklats till en bred teknisk, biologisk, klinisk och epidemiologisk plattform för att studera komplexa mikrobiologiska samhällen och deras interaktion med människan både inom hälsan och sjukdom. Samarbetet mellan våra experter utgör en solid grund för att förstå mikrobiomets bidrag till normal fysiologi och patofysiologi och öppnar möjligheter för utveckling av nya terapier inom kvinnors hälsa, reproduktiv hälsa och neonatologi. Vi söker nu en forskningsspecialist inom mikrobiomforskning med god erfarenhet av de biostatistiska och bioinformatiska utmaningar som är kopplade till mikrobiomdata, som är fokuserad, driven och passionerad för att bidra till vårt mål att förbättra hälsan genom forskning på hög nivå.
Din roll
Som forskningsspecialist kommer du fokusera på analysarbete kring rollen hos mikrobiomet i ett flertal olika projekt med inriktning på studier av mikrobiomet och dess inverkan på/samverkan med människan. En central komponent i rollen är att ta stort ansvar för tilldelade studier för att kunna etablera analysplaner som kombinerar mikrobiomdata med ytterligare metadata från andra källor såsom annan omics-data, frågeformulär eller enkäter samt driva analysen i samråd med kollegor inom gruppen samt externa forskningspartners, med målet att generera vetenskapliga publikationer. Den framgångsrika kandidaten kommer arbeta i nära samarbete med flera olika team såsom klinisk epidemiologi, bioinformatik, och våtlabbshantering av prover, samt externa kliniska medarbetare. Arbetsspråket är engelska.
Behörighetskrav
För anställning som forskningsspecialist vid Karolinska Institutet tillämpas de behörighetskrav som anges iRiktlinjer för andra anställningar än läraranställningar vid Karolinska Instituteti förhållande till fastställd anställningsprofil.

Behörig att anställas som forskningsspecialist är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen samt har dokumenterat forskningsarbete efter disputation.

Utöver de ovanstående grundläggande behörighetskraven skall sökande ha:

• Demonstrerad förmåga att kommunicera både verbalt och i text
• Demonstrerad förmåga att författa vetenskapliga artiklar
• Demonstrerad förmåga att analysera humana mikrobiomdataset
• Erfarenhet av att arbeta i interdisciplinära team
• Erfarenhet med minst ett vanligt förekommande programmeringsspråk för mikrobiomanalys (Python eller R)
• Erfarenhet av forskning kring det vaginala och/eller gastrointestinala mikrobiomet
• Förståelse för de unika egenskaperna som mikrobiomdata innehar och vilka statistiska utmaningar det innebär
• Erfarenhet av att arbeta med metadata för mikrobiomstudier enligt tillgängliga standarder, ontologier, och formatering av dito (t.ex. MIxS)
• Erfarenhet av att analysera både markörgen och metagenomisk data från DNA eller RNA med vetenskapligt etablerade tillvägagångssätt
• Erfarenhet av att assemblera och annotera sekvenseringsdata från bakterieisolat med short read och/eller long read data
• Erfarenhet av metagenomassemblering och binning

Meriterande för positionen:

• Insikt i epidemiologiska tillvägagångssätt och studiedesign med speciellt fokus på applikation mot och utmaningar vid arbete med mikrobiomdata
• Erfarenhet av arbete på HPC-system med bash och Slurm
• Erfarenhet av att arbeta med programmeringskod med versionshantering (git/github)
• Erfarenhet av arbete med containers för bioinformatiskt arbete (Docker, Singularity)

Erfarenhet av tekniker och ramverk för reproducerbara bioinformatiska analyser, t.ex. Snakemake eller Nextflow.
Bedömningsgrunder
Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.
Vad erbjuder vi?
En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI träffar du forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Placering: Solna
Ansökan
Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska. Ansökan ska innehålla följande handlingar: Intyg om doktorsexamen, CV, meriter och beskrivning av planerad forskning som presenteras i enlighet medKarolinska Institutets meritportfölj.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!