Doktorandplats inom bioinformatik: Klinisk bröstcancerproteomik

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Tjänsten är placerad i forskargruppenCancer Proteomics Mass Spectrometry, ledd av professor Janne Lehtiö vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Lehtiö-gruppen är en translationell forskargrupp som strävar efter att förbättra cancerbehandling genom analys av multi-omics-tumördata. Gruppens medlemmar kommer från olika discipliner och arbetar som ett team för att studera gener och proteiner i biologiska nätverk, förstå hur molekylära förändringar i tumörer påverkar proteomet samt upptäcka nya sjukdomsmarkörer som kan användas terapeutiskt. Forskare och ingenjörer i gruppen samarbetar nära och använder en rad olika teknologier för att generera ny kunskap om sjukdomens biologi och utveckla verktyg som stödjer kliniskt beslutsfattande inom onkologi.

SciLifeLab är en nationell infrastruktur och forskningsmiljö inom teknikdriven livsvetenskap, och Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten bakom SciLifeLab. Vi erbjuder en stimulerande och mångsidig arbetsmiljö i ett team av högt motiverade kollegor med expertis i avancerad, banbrytande teknologi.
Data-driven life science
Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna livsvetare och att skapa världsledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,3 miljarder kronor över 12 år av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW).

År 2026 kommer DDLS forskarskola att utökas genom rekrytering av 25 akademiska och 7 industriella doktorander. Under programmets gång kommer fler än 260 doktorander och 200 postdoktorer att ingå i forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biodiversitet, precisionsmedicin och diagnostik samt epidemiologi och infektionsbiologi.

För mer information, se: https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Framtidens livsvetenskap är datadriven. Vill du vara en del av den förändringen? Då ska du ansluta dig till detta unika program!

Vid Karolinska Institutet utlyser vi nu en tjänst somDDLS-doktorand inom datadriven precisionsmedicin och diagnostik.

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och tolkning av data för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnostik, läkemedelssvar och hälsomonitorering. Forskningen inom precisionsmedicin förväntas dra nytta av befintliga starka resurser i Sverige och internationellt, såsom molekylära data (t.ex. omics), bilddata, elektroniska patientjournaler, longitudinella patient- och befolkningsregister samt biobanker.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Vi söker en mycket motiverad doktorand i bioinformatik med intresse för omics-dataanalys av bröstcancer i kliniska kohorter som karakteriserats med masspektrometribaserad proteomik. Projektet kommer att omfatta integrativ och translationell analys av flera nivåer av omics-data från bröstcancerkohorter som inkluderar flera subtyper, med särskilt fokus på trippelnegativ bröstcancer (TNBC). Arbetet innefattar både användning av etablerade analys-pipelines och utveckling av nya beräkningsstrategier för analys av kvantitativa biologiska data. Analyserna kommer att valideras med hjälp av data från öppna databaser.

Tjänsten kräver ett starkt intresse och nyfikenhet att lära sig proteomikdataanalys, samt god kommunikativ förmåga och vilja att arbeta i team. Denna tjänst erbjuder utmärkta möjligheter till innovativ forskning inom bearbetning och analys av proteomikdata tillsammans med en engagerad grupp forskare.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande(A)och det särskilda(B)behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidanBedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidanEnglish language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaperObligatoriska kvalifikationer
• Masterexamen, eller motsvarande, inom bioinformatik, biologi, medicin, datavetenskap, matematisk statistik eller annat relevant område
• Dokumenterad utbildning och erfarenhet av bioinformatisk dataanalys
• Programmeringsvana i Python och/eller R, eller motsvarande
• Kunskap om statistiska metoder
• Förståelse för cell- och molekylärbiologi
• Mycket god förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska
Meriterande kvalifikationer
• Erfarenhet av höggenomströmnings-omicsdata, såsom MS-baserad proteomik, NGS eller andra metoder med hög datadimensionalitet
• Arbetslivserfarenhet inom systembiologi eller systemmedicin, storskalig dataanalys, integrering och visualisering
• Förmåga att tolka omicsdata i ett biologiskt sammanhang
• Kunskap och arbetslivserfarenhet inom MS-baserad proteomik
• Kunskap om bröstcancerbiologi och aktuell translational cancerforskning
Personliga egenskaper
Eftersom tjänsten innebär nära samarbete med flera forskare läggs stor vikt vid personliga egenskaper, inklusive:

• Stark samarbetsförmåga och goda interpersonella färdigheter
• Utmärkta kommunikativa och analytiska förmågor
• Nyfikenhet och driv att besvara biologiska frågeställningar och bidra till translational forskning
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (seAovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (seBovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Lehtiölab

DDLS research school
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet