Postdoktor i beräkningsbiologi för encells-, spatiala och värd–mikrobiomdata

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
En postdoktoral tjänst är tillgänglig för studier av intestinal vävnadsregeneration, mukosal inflammation och värd-mikrobiominteraktioner med hjälp av single-cell RNA-sekvensering, spatial transkriptomik och spatial metatranskriptomik (SmT, Saarenpää et al., Nature Biotechnology, 2024), kombinerat med integrativ beräkningsbiologi.

Tjänsten är placerad i laboratoriet hos professor Eduardo Villablanca vid Karolinska Institutet , en ledande forskningsmiljö inom mukosal immunologi och intestinal homeostas. Den framgångsrika kandidaten kommer att ansluta sig till ett samarbetsinriktat program som integrerar experimentella modeller, patienthärlett material och avancerade transkriptomiska teknologier för att undersöka grundläggande mekanismer relevanta för Inflammatory Bowel Disease (IBD), Colorectal Cancer och vävnadsreparation.

Projektet erbjuder goda möjligheter till vetenskaplig utveckling inom utveckling av beräkningsmetoder, integrering av multi-omics-data, analys av värd-mikrobiominteraktioner samt translationell forskning i nära samverkan med kliniker och experimentella forskare.
Din roll
Vi söker en postdoktoral beräkningsbiolog med stark expertis inom single-cell-, spatial- och värd-mikrobiomtranskriptomik. De huvudsakliga arbetsuppgifterna kommer att fokusera på analys och integrering av dataset från bulk RNA-sekvensering, single-cell RNA-sekvensering, spatial transkriptomik och spatial metatranskriptomik, genererade från intestinala experimentella system och humant patientmaterial.

Arbetsuppgifter:

• Utveckla och tillämpa reproducerbara beräkningspipelines för analys av single-cell-, spatiala omics- och värd-mikrobiomdata.
• Utföra integrativ analys av värdgenuttryck, mikrobiella signaler, vävnadsorganisation och inflammatoriska tillstånd.
• Bidra till analysen av intestinal regeneration, mukosal inflammation och värd-mikrobiominteraktioner.
• Stödja datakvalitetskontroll (QC), förbehandling, datahantering, annotering, visualisering och efterföljande statistisk modellering.
• Delta i metodutveckling för integration av flera prover, analys av spatiala nischer och beräkningsramverk för värd-mikrobiominteraktioner.
• Bidra till manuskript, anslagsansökningar och presentationer för både specialiserade och bredare vetenskapliga målgrupper.
• Samarbeta nära med experimentella forskare, kliniker och andra beräkningsforskare i gruppen.
• Bidra till att underhålla och optimera gruppens beräkningsresurser, dataanalysservrar och lagringslösningar.
• Medverka i uppsättning, driftsättning och underhåll av beräkningsmiljöer, inklusive installation av programvara, hantering av beroenden och konfiguration av reproducerbara analysmiljöer.
• Stödja implementering av arbetsflöden och storskaliga omicsanalyser i Linux- och högpresterande beräkningsmiljöer (HPC).
• Bidra till att forma, utveckla och underhålla gruppens nuvarande beräkningsinfrastruktur.

Vem är du?
Vi söker en högt motiverad forskare med starka kvantitativa, beräkningsmässiga och programmeringsrelaterade färdigheter, en solid bakgrund inom beräkningsbiologi eller bioinformatik samt ett dokumenterat forskningsintresse för intestinal biologi, mukosal immunologi och värd-mikrobiominteraktioner.
Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen (PhD) inom beräkningsbiologi, bioinformatik, systembiologi, immunologi, genomik, datavetenskap, beräkningsmedicin eller ett närbesläktat område.
• Dokumenterad erfarenhet av transkriptomikanalys, inklusive single-cell RNA-sekvensering, spatial transkriptomik och spatial metatranskriptomik (SmT; se Saarenpää et al., Nature Biotechnology, 2024, "Spatial metatranscriptomics resolves host-bacteria-fungi interactomes" ).
• Dokumenterad praktisk erfarenhet av värd-mikrobiomanalys, mikrobiomintegrerad transkriptomik och tolkning av spatialt upplösta värd-mikrobdata.
• Stark programmeringskompetens i R och/eller Python, med erfarenhet av reproducerbar dataanalys, utveckling av arbetsflöden och kodbaserad projektorganisation.
• Erfarenhet av arbete i Linuxmiljöer, bearbetning av storskaliga omicsdata samt arbete med delad eller högpresterande beräkningsinfrastruktur (HPC).
• Mycket god förmåga att kommunicera i tal och skrift på engelska.
• Dokumenterad erfarenhet av uppsättning av beräkningsmiljöer, installation av programvara, hantering av beroenden, serverunderhåll, implementering av analys-pipelines, automatisering av arbetsflöden eller stöd för delade beräkningsresurser.

Meriterande kvalifikationer

• Erfarenhet av forskning inom intestinal biologi, mukosal immunologi, Inflammatory Bowel Disease, Colorectal Cancer eller vävnadsregeneration.
• Erfarenhet av multi-omics-integration, avancerad statistik, maskininlärning eller visualisering av biologiska data av hög kvalitet.
• Tidigare postdoktoral eller motsvarande heltidsforsknings-erfarenhet efter doktorsexamen är starkt meriterande.
• Erfarenhet av att underhålla eller utveckla forskningsinfrastruktur för beräkning i samarbetande forskargrupper.
• Publikationer i sakkunniggranskade tidskrifter inom relevanta forskningsområden.
• Erfarenhet av att bidra till samarbetsprojekt som involverar både beräkningsbaserade och experimentella forskare.

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.
Placering
Tjänsten är placerad inom Institutionen för medicin, Solna. Institutionen består av tio avdelningar och varje avdelning består av flertalet forskargrupper. Den aktuella tjänsten är placerad inom Forskargruppen leds av professor Eduardo Villablanca vid Avdelningen för immunologi och respiratorisk medicin. Gruppen studerar de molekylära och cellulära mekanismer som reglerar intestinal homeostas, vävnadsreparation och mukosal inflammation, med hjälp av experimentella modeller, patientmaterial samt avancerade single-cell-, spatiala och värd-mikrobiomtranskriptomiska metoder.

För mer information, vänligen besök: https://ki.se/en/meds/eduardo-villablanca-group

Ansökan
Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!