Forskningsassistent i systembiologi

Om jobbet

Vill du bidra till bättre hälsa för alla?
Hausser-laboratoriet vid Karolinska Institutet och SciLifeLab studerar dynamiken hos friska vävnader och tumörer, och förenar beräkningsbiologi, systembiologi och cancerimmunologi i en internationell engelskspråkig forskningsmiljö. Som forskningsassistent arbetar du med ett tydligt avgränsat projekt med ett konkret vetenskapligt mål: att färdigställa en analys av vävnadsdynamik på encells nivå för publicering i en ledande vetenskaplig tidskrift. Du får praktisk erfarenhet av statistisk inferens, vetenskaplig kommunikation och rigorös beräkningsbaserad forskning med aktiv handledning genom hela projektet.

https://www.hausserlab.org
Din roll
Statistisk analys av vävnadsdynamik (proliferation, celldöd, omsättning) baserad på encells-RNA-sekvenseringsatlaser

• Hypotesprövning över olika vävnader, åldrar, kön och experimentella förhållanden
• Identifiering av systemiska mönster i vävnadsdynamik
• Integrering av resultaten i ett pågående manuskript
• Dokumentation av analysmetoder för reproducerbarhet
• Bidrag till figurframställning och vetenskaplig kommunikation

Vem är du?
Krav:

• Masterexamen i biomedicin, bioinformatik, beräkningsbiologi, systembiologi eller annat besläktat livsvetenskapligt ämne med betydande beräkningsinriktning
• Programmeringserfarenhet i R och/eller Python, inklusive ramverk för encellsanalys (Seurat, Scanpy eller motsvarande)
• Praktisk erfarenhet av att analysera celldynamik (proliferation, celldöd, omsättning eller trajektorier) från encells-RNA-sekvenseringsdata, med etablerade beräkningsverktyg
• Grundläggande kunskaper i tillämpad statistik och tydligt intresse av att fördjupa kunskaper i statistisk inferens (hypotesprövning, konfidensintervall, regression)
• Goda kunskaper i vetenskaplig engelska, både i tal och skrift
• Självgående och strukturerad, med förmåga att driva ett tydligt avgränsat projekt självständigt

Meriterande:

• Erfarenhet av inferensmetoder för vävnadsdynamik (t.ex. TIDYI) för att uppskatta cellproliferation och celldöd från encells-RNA-sekvenseringsdata.
• Erfarenhet av trajektorieanalys (Monocle3 eller motsvarande) eller genuttrycksnätverksanalys (hdWGCNA eller motsvarande).
• Kännedom om Linux kommandoradsmiljö.
• Erfarenhet av att bidra till vetenskapliga manuskript.
• Kännedom om versionshantering (git).

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla]

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss