Forskare i mikrobiell bioinformatik

Om jobbet

Forskare inom mikrobiell bioinformatik och skogliga växt-mikrobinteraktioner:

Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) utlyser en tidsbegränsad forskartjänst med inriktning mot analys av mikrobiella samhällen i skogliga mark- och rotsystem. Tjänsten är kopplad till pågående forskningsprojekt och avser avancerad bioinformatisk analys av tidsseriedata från boreala skogsekosystem.

Uppdraget är på heltid mellan 3-6 månader och anställningen är via Poolia som konsult.

Dina arbetsuppgifter i huvudsak

Arbetsuppgifterna omfattar analys av DNA-amplicondata från bakterier och svampar insamlade från rötter av gran (Norway spruce) och tall (Scots pine) samt tillhörande jordprover. Analyserna syftar till att identifiera biologiskt relevanta mönster i mikrobiella samhällen i relation till säsongsvariation, skogstyp och experimentella behandlingar.

Ett centralt fokus i tjänsten är identifiering av bakterier som kan ha en funktionell roll i samspelet mellan träd och ektomykorrhizasvampar. Arbetet kräver en integrerad förståelse för bioinformatisk metodik och ekologisk tolkning, samt förmåga att koppla sekvensbaserade resultat till biologisk funktion.

I arbetsuppgifterna ingår även att:

• genomföra och vidareutveckla bioinformatiska analyser av komplexa och långsiktiga dataset

• arbeta i högpresterande beräkningsmiljöer

• bidra till metodutveckling för selektion, isolering och odling av bakterier identifierade genom bioinformatisk analys

• sammanställa och publicera forskningsresultat i internationella vetenskapliga tidskrifter



Vem är du?


För anställningen krävs:

• Avlagd doktorsexamen inom mykologi, mikrobiologi eller närliggande ämnesområde, med dokumenterad inriktning mot växt-mikrobinteraktioner

• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk analys av ampliconsekvenseringsdata från jord- och rotsystem

• Erfarenhet av analys av stora och komplexa tidsseriedataset

• Vana att arbeta självständigt i högpresterande beräkningsmiljöer (HPC)

• Dokumenterad förmåga att identifiera biologiskt relevanta bakterier i komplexa jordmikrobiella samhällen

• Erfarenhet av utveckling av metoder för isolering och odling av bakterier för vidare experimentella studier

• God kunskap om ektomykorrhiza och andra biotiska interaktioner mellan växter och mikroorganismer

• Goda kunskaper i minst ett relevant programmerings- eller skriptspråk, exempelvis R eller Python

• Mycket god förmåga att kommunicera i tal och skrift på engelska

Personliga egenskaper:

Stor vikt kommer att läggas vid förmåga att arbeta självständigt, ta ansvar för avancerade analyser samt driva forskningsarbetet mot publicering i samarbete med projektets övriga forskare.

Om verksamheten

Rekryteringen genomförs med stöd av Poolia, ett certifierat rekryterings- och bemanningsföretag. Poolia är auktoriserat via Kompetensföretagen samt certifierat enligt ISO 9001 (kvalitet) och ISO 14001 (miljö).