Doktorand (PhD) i beräkningsproteomik och AI för precisionsmedicin inom cancer

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Doktorandstudierna kommer att genomföras i forskargruppen Cancer Proteomics Mass Spectrometry (MS) under ledning av professorJanne Lehtiö. Forskargruppen tillhörInstitutionen för onkologi-patologivid Karolinska Institutet (KI) och är baserad vidScience for Life Laboratory(SciLifeLab) i Stockholm. Lehtiö-gruppen är ett translationellt forskarteam som arbetar för att utveckla analysen av det mänskliga proteomet och förbättra individualiserade cancerbehandlingar.

Lehtiö-gruppen utgör en translationell och tvärvetenskaplig forskningsmiljö som fokuserar på att utveckla proteomanalys och dess tillämpningar inom precisionsmedicin mot cancer. Gruppen utvecklar och använder experimentella och beräkningsmässiga metoder inom proteomik och proteogenomik för att bättre förstå hur genetiska förändringar i kombination med tumörens mikromiljö formar cancerens molekylära fenotyp. Den pågående forskningen fokuserar på leukemi och solida tumörer, inklusive lung- och bröstcancer, med målet att identifiera kliniskt relevanta sjukdomsmekanismer, terapeutiska sårbarheter och mekanismer för immunflykt. Vårt övergripande mål är att förbättra individualiserade cancerbehandlingar för att uppnå betydande förbättringar av patienters överlevnad och livskvalitet.

För att komplettera proteomdatan har vi tillgång till ett brett spektrum av avancerade omics- och högkapacitetsmetoder tack vare vår nära koppling till SciLifeLabs infrastrukturer. I nära anslutning till forskargruppen erbjuder vi även tillgång till MS-baserad proteomik för externa användare genom våra core-faciliteter vid KI och SciLifeLab.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Vi söker en mycket motiverad doktorand för en tjänst inom den subgrupp som leds avYanbo Pan. Projektet befinner sig i gränslandet mellan cancerbiologi, beräkningsproteomik och AI-driven bioinformatik. Doktoranden kommer att analysera och integrera olika typer av proteomikdata som genereras i laboratoriet, inklusive bulkproteomik, single-cell-proteomik, proteogenomik och spatial proteomik inom olika cancertyper. Ett huvudsakligt fokus i projektet kommer att vara att rekonstruera signaleringsnätverk på singelcellsnivå, med hänsyn till variationer mellan proteoformer, proteiners subcellulära lokalisering och immunologiska interaktioner.

Projektet kommer även att utforska avancerade metoder inom maskininlärning och AI, inklusive stora språkmodeller (LLMs) för funktionell annotering, informationshämtning och integrering av data från biologiska databaser, vetenskaplig litteratur och omics-datasets, samt AI-assisterad hypotesgenerering. Dessa metoder kommer att användas för att tolka komplexa cancerproteomikdata, identifiera mekanismer bakom cancerprogression och immunflykt samt prioritera potentiella terapeutiska måltavlor. Det långsiktiga målet är att generera biologiskt välgrundade insikter som kan bidra till framtida strategier för kombinationsbehandling och immunterapi inom precisionsmedicin.

Doktoranden kommer att ingå i ett tvärvetenskapligt team med expertis inom cancerbiologi, proteomik, bioinformatik och onkologi. Inom denna ram förväntas doktoranden arbeta både i samarbete med andra och självständigt, med successivt ökat ansvar under doktorandutbildningens gång motsvarande fyra års heltidsstudier. Förutom forskningsarbete ingår i doktorandtjänsten att genomföra allmänna och projektrelaterade forskarutbildningskurser, aktivt delta i seminarier, bidra till vetenskapligt skrivande samt presentera forskningsresultat vid seminarier och möten.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande(A)och det särskilda(B)behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidanBedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidanEnglish language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Vi söker en entusiastisk och mycket motiverad kandidat med ett starkt intresse för beräkningsbiologi och cancerforskning. Sökande bör ha en masterexamen (eller motsvarande) i datavetenskap, bioinformatik, biostatistik, matematik, systembiologi eller annat relevant livsvetenskapligt eller närliggande område. Stark programmeringsvana i Python och/eller R, samt erfarenhet av maskininlärning, djupinlärning eller AI-metoder, är ett krav. Erfarenhet av omics-dataanalys är meriterande.

Erfarenhet av ramverk för djupinlärning (t.ex. PyTorch, TensorFlow) och ramverk för stora språkmodeller (t.ex. Hugging Face Transformers, LangChain eller liknande), liksom kunskap om prompt engineering, utvärdering och benchmarking av LLM-baserade modeller samt retrieval-baserade eller retrieval-augmented generation (RAG)-metoder, betraktas som en tillgång. God förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska är nödvändig. Eftersom doktoranden kommer att ingå i ett tvärvetenskapligt team med expertis inom cancerbiologi, proteomik, bioinformatik och matematik är samarbetsförmåga och god kommunikationsförmåga viktiga.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (seAovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (seBovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Ansök senast den7 maj.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet