Bioinformatiker till Karolinska Institutet

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi söker en bioinformatiker till vårforskningsverksamhetinom molekylär patologi och sarkomgenomik vid Karolinska Institutet. Gruppen bedriver translationell forskning med fokus på integrerad analys av helgenomsekvensering (WGS), RNA-sekvensering, metyleringsprofilering och digital patologi för diagnostik och biologisk karakterisering av mesenkymala tumörer. Tjänsten innebär nära samarbete mellan bioinformatik, molekylärpatologi och klinisk verksamhet i en internationell forskningsmiljö.
Din rollArbetsuppgifterna omfattar analys och utveckling av bioinformatiska arbetsflöden för storskaliga genomiska och transkriptomiska data från tumörmaterial, framför allt sarkom och andra mesenkymala tumörer. Arbetet innefattar:

• Analys av WGS-, WTS- och metyleringsdata från tumörprover
• Detektion och tolkning av strukturella varianter, copy number-förändringar, genfusioner och somatiska mutationer
• Utveckling och underhåll av reproducerbara bioinformatiska pipelines i Linux/HPC-miljö
• Integrering av molekylära data med histopatologiska och kliniska data
• Medverkan i translationella forskningsprojekt och vetenskaplig publicering
• Samarbete med patologer, kliniska genetiker och experimentella forskare

Vem är du?Krav:

• Doktorsexamen inom bioinformatik, molekylärgenetik, cancergenomik eller närliggande område
• Dokumenterad erfarenhet av självständig analys av DNA- och RNA-sekvenseringsdata från tumörmaterial
• Dokumenterad erfarenhet av självständig somatisk variantanalys, inklusive strukturella varianter och genfusioner
• Du kan självständigt arbeta med storskaliga NGS-data i Linuxbaserad HPC-miljö
• God programmeringsvana i R och/eller Python
• Erfarenhet av translationell cancerforskning och arbete i multidisciplinära projekt
• Mycket god förmåga att kommunicera på engelska i tal och skrift

Meriterande:

• Erfarenhet av sarkomforskning eller mesenkymala tumörer med kunskaper om tumörernas genomik
• Erfarenhet av copy number-analys, long-read-sekvensering eller single-cell-data
• Erfarenhet av kliniskt orienterad molekylär diagnostik
• Erfarenhet av bioinformatiska workflows för fusion detection och strukturell variantanalys

Personliga egenskaper kommer att tillmätas stor vikt. Vi söker dig som är analytisk, strukturerad och har god förmåga att arbeta självständigt i komplexa forskningsprojekt. Du behöver kunna driva bioinformatiska analyser från rådata till biologisk och tolkning samt ha god förmåga att prioritera och dokumentera ditt arbete.Tjänsten kräver även god samarbetsförmåga och förmåga att arbeta i multidisciplinära miljöer tillsammans med patologer, kliniska genetiker, bioinformatiker och experimentella forskare. Erfarenhet av att bidra till metodutveckling, vetenskapliga publikationer och stöd till juniora forskare är meriterande.Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

Institutionen för onkologi-patologi

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. Ansök senast den 29 maj.

Tidsbegränsad anställning på 1 år, med möjlighet till förlängning.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss