Doktorandplats: Förstå hur långa icke-kodande RNA reglerar adipocyters insulinkänslighet

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Adipocyten uttrycker över 4000 långa icke-kodande RNA (lncRNA), varav många är unikt uttryckta i fettceller. Hur dessa polymera molekyler fungerar i samspel med cellens metabola maskineri är emellertid inte väl förstått. I vårt laboratorium undersöker vi hur lncRNA anpassar adipocyten för specialiserad funktion, specifikt i sammanhanget av lipiddroppsmetabolism. Vår undersökning fokuserar på lncRNA som kan ligga till grund för nedsatt metabol flexibilitet och bidra till patogenesen för kardiometabolisk sjukdom.

Vi integrerar resultat från välkaraktäriserade biopsier av humant vitt fettvävnad (WAT) och stora populationsgenetikstudier för att identifiera lncRNA som är involverade i lipidmetabolism och kardiometabolisk sjukdom. De sjukdomsassocierade lncRNA:erna undersöks i humana adipocyter cellmodeller och med hjälp av CRISPRi/a gengestörningar kopplade till lipidomik/metabolomik strävar vi efter att förstå effekten av lncRNA-uttrycket på adipocyters metabolism. Dessutom använder vi genvarianter för redigering i humana adipocyter för att förstå hur enstaka nukleotidpolymorfismer som är belägna i lncRNA-genlokus leder till förändringar i lipiddroppsmetabolismen.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Detta doktorandprojekt syftar till att fastställa hur sjukdomsrelevanta långa icke-kodande RNA (lncRNA) reglerar adipocyters insulinkänslighet och därigenom metabol hälsa. Detta kommer att uppnås genom att undersöka biopsier av human vit fettvävnad (WAT) som tagits före och efter en hyperinsulinemisk clamp, vilken utfördes för att mäta systemisk insulinkänslighet. Biopsierna har genomgått IR-fenotypning samt transkriptomisk analys. Denna kohort möjliggör identifiering av lncRNA som direkt svarar på insulinstimulering i human WAT. Identifierade lncRNA kommer att studeras i mogna adipocyter med hög respektive låg insulinkänslighet. Studenten kommer att vidareutveckla de lncRNA som påverkar insulinets effekter i adipocyter till detaljerade molekylära studier, där bildanalys och laboratoriets egenutvecklade pulldown-metodik kommer att användas för att klarlägga hur dessa lncRNA fungerar på molekylär nivå. Särskild vikt kommer att läggas vid att karakterisera strukturen hos dessa lncRNA för att definiera de funktionella aptamerer som krävs för att reglera den specifika adipocytfunktionen. Doktoranden kommer att utbildas i både beräkningsbaserade och molekylärbiologiska analyser för att identifiera kandidat-lncRNA och utveckla en experimentell pipeline för att förstå deras funktion. Studenten kommer att delta i kunskapsutbyte med nuvarande labbmedlemmar samt bidra till introduktion och handledning av framtida medarbetare som rekryteras.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande(A)och det särskilda(B)behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidanBedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidanEnglish language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Krav
- Den utvalda kandidaten ska ha avlagt en masterexamen eller motsvarande inom bioteknik/biomedicin/molekylärbiologi/medicin eller ett annat närliggande område.

- Erfarenhet av att använda molekylärbiologiska laboratoriemetoder (wet lab), såsom Western blot-analyser och qRT-PCR.

- Erfarenhet av att bearbeta och analysera omics-data, inklusive kort- och långläsnings-RNA-sekvensering samt proteomik, med hjälp av R, Linux-baserade verktyg eller motsvarande.

- God kommunikations- och dokumentationsförmåga för att kunna förklara och reproducera forskningsresultat.

- Förmåga att arbeta självständigt.

Meriterande
- Goda kunskaper i analys av RNA-proteininteraktioner och RNA-strukturella motiv.

- Förmåga att visualisera komplex data med hjälp av R/Python eller liknande program och verktyg.
Villkor
Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (seAovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (seBovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet