Forskningsassistent i bioinformatik

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi rekryterar en forskningsassistent med stark bioinformatisk och beräkningsmässig kompetens till Andersson-labbet vid Karolinska Institutet. Du kommer arbeta i gränslandet mellan utvecklingsbiologi, regeneration och storskalig genomik för att identifiera "regenerativa ritningar" som kan bana väg för framtida behandlingar av hörselnedsättning. Rollen ger möjlighet att arbeta med toppmoderna analysmetoder, i nära samarbete med experimentella forskare runtom på KI.
Din roll
Du kommer bidra med bioinformatiska analyser inom ett tvärvetenskapligt projekt om innerörats utveckling och regeneration. Arbetsuppgifterna inkluderar:

* Processning, QC och analys avsingle-cell/single-nucleus RNA-seqochspatial transkriptomik(t.ex. Visium/Visium HD).

* Utveckling av reproducerbara pipelines (t.ex.Snakemake, bash, SLURM/HPC) samt dokumentation av analysflöden.

* Jämförande analyser mellan arter:ortolog-mappning, celltyp/celltillståndsjämförelser och stöd förortologimedveten nätverksinferens(t.ex. SAMap-liknande metoder).

* Differentialuttryck, trajectories/transitioner, visualisering och sammanställning av resultat till figurer, rapporter och manuskript.

* Stöd till nedströmsanalyser kopplade till funktionella genetiska försök samt datahantering enligt FAIR-principer .
Vem är du?
Krav:
* MSc (eller nära examen) inom bioinformatik/beräkningsbiologi/genomik eller närliggande område.

* Goda programmeringskunskaper iPythonoch/ellerR, samt vana att arbeta iLinux/Unix-miljö.

* Erfarenhet av reproducerbara arbetsflöden (t.ex.Snakemake, bash) och arbete på beräkningskluster (SLURMeller motsvarande).

* Praktisk förståelse för NGS och relevanta analystyper (t.ex. scRNA-seq, ATAC-seq/ChIP-seq, genom-/regulatoriska analyser).
Meriterande:
* Jämförande genomik: ortologi/fylogenetik, komparativa analyser eller erfarenhet av genom-assembly/annotering.

* Intresse för utvecklingsbiologi, regeneration, sensoriska system och/eller genreglerande nätverk.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

www.anderssonlab.com

https://ki.se/en/research/research-areas-centres-and-networks/research-groups/understanding-how-life-develops-emma-anderssons-group#tab-start

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss