Doktorandplats inom Systemisk mukosal immunologi av värd–mikrobiom-interaktioner vid intestinal inflammation

Om jobbet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.
Forskargruppen
Villablanca-laboratoriet vid Karolinska Institutet är verksamt vid institutionen för medicin, Solna, inom enheten för immunologi och allergi, och är inrymt vid Centrum för molekylär medicin (CMM) i Stockholm. Vår tvärvetenskapliga forskning bedrivs i skärningspunkten mellan immunologi, systembiologi och folkhälsa, med ett starkt fokus på att förstå de cellulära och molekylära mekanismer som reglerar intestinal homeostas och inflammatorisk tarmsjukdom (IBD).

För att besvara dessa frågor har vi etablerat ett forskningsprogram som integrerar nya experimentella modeller av IBD (zebrafisk och mus), humana kliniska kohorter samt avancerade molekylära och cellulära metoder - inklusive ko-kultursystem med immunceller och organoider, enkeltcells-RNA-sekvensering och spatial transkriptomik. Genom att kombinera experimentell immunologi med systembaserade och datadrivna analyser strävar vi efter att kartlägga de mekanismer som styr uppkomsten och upplösningen av intestinal inflammation, med det slutliga målet att möjliggöra utvecklingen av rationella terapeutiska strategier för att förebygga sjukdomsdebut och främja intestinal läkning.
Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter
Doktorandprojektet syftar till att kartlägga värd-mikrob-interaktioner i intestinala mukosan med hjälp av integrativa spatial- och enkeltcells-multiomics-metoder. Genom att kombinera spatial transkriptomik, enkeltcells-RNA-sekvensering och kompletterande omics-teknologier i humana och experimentella modellsystem, strävar projektet efter att belysa hur mikrobiella samhällen formar mukosala immunsvar och vävnadshomeostas.

Doktoranden kommer i första hand att fokusera på beräkningsbaserade och systembiologiska analyser, inklusive integration av högdimensionella dataset, utveckling av analysflöden, inferens av cell-cell- och värd-mikrob-interaktionsnätverk samt identifiering av rumsligt upplösta molekylära program associerade med inflammation och vävnadsombyggnad. Projektet erbjuder även möjligheter att bidra till experimentell design och datagenerering i nära samarbete med laboratorieforskare.

Som del av forskarutbildningen förväntas studenten:

• Aktivt delta i forskningsplanering, dataanalys och tolkning
• Utveckla och implementera reproducerbara bioinformatiska arbetsflöden
• Presentera resultat vid nationella och internationella konferenser
• Bidra till vetenskapliga publikationer
• Genomföra obligatoriska doktorandkurser samt engagera sig i relevant fördjupningsutbildning inom bioinformatik, systemimmunologi och datavetenskap

Tjänsten erbjuder en starkt tvärvetenskaplig utbildningsmiljö i skärningspunkten mellan mukosal immunologi, mikrobiomforskning och beräkningsbiologi.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.
Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå
För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande(A)och det särskilda(B)behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller

har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidanBedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidanEnglish language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.
Färdigheter och personliga egenskaper
Nödvändiga kvalifikationer:

• Examen inom biomedicin, mikrobiologi, bioinformatik eller relaterat område.
• Goda kunskaper i Python och R för analys av storskaliga biologiska dataset.
• Erfarenhet av mikrobiomdata-analys, inklusive 16S-ampliconsekvensering och helgenoms-/shotgun-profilering.
• Van vid att arbeta i kommandoradsmiljöer och HPC-kluster.
• Praktisk erfarenhet av flera omics-modaliteter, inklusive bulk-RNA-seq, enkeltcells- och spatial transkriptomik (både sekvensbaserade och bildbaserade teknologier som Visium HD och Xenium/ISS).
• God förståelse för statistisk modellering och reproducerbara arbetsflöden.
• Förmåga att arbeta både självständigt och i samarbete inom ett tvärvetenskapligt team.

Meriterande kvalifikationer:

• Bakgrund inom mukosal immunologi och förståelse för immunsvarets relevans i mikrobiomforskning.
• Dokumenterad erfarenhet av tvärvetenskapligt samarbete, med publicerade bidrag som visar förmåga att arbeta i gränslandet mellan beräkningsbiologi och experimentell forskning.
• Grundläggande erfarenhet av versionshantering (Git) och reproducerbara datapipelines.

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan
Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (seAovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (seBovan)
Urval
Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Center for Molecular Medicine

Forskargrupp Eduardo Villablanca
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet