Bioinformatiker för analys av autoimmuna sjukdomar

Om jobbet

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Institutet för miljömedicin (IMM) är en institution vid Karolinska Institutet och ett tvärvetenskapligt forskningsinstitut inom det brett definierade området miljömedicin. IMM bedriver avancerad forskning inom miljö- och yrkesmedicin, toxikologi, fysiologi, epidemiologi och biostatistik med fokus på att klarlägga hur miljö- och livsstilsfaktorer påverkar vår hälsa och vilket samspel med gener som finns. IMM är också ett nationellt expertorgan inom miljömedicin och IMMs forskare är vetenskapliga rådgivare åt myndigheter och andra beslutsfattare samt medverkar i nationella och internationella expertgrupper.
Din roll
Tjänsten innefattar arbete med bioinformatik, användning av maskininlärning av transkriptomdata, scRNASeq-data och/eller mikrobiom 16S-data inom ett europeiskt projekt som finansieras av Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking om immunmedierade sjukdomar, där Karolinska Institutet är partner och som samordnas av professor Marta E. Alarcón-Riquelme i samarbete med läkemedelsindustrin. Projektet har som mål att identifiera molekylära profiler för respons och icke-respons på olika behandlingar med hjälp av data från kliniska prövningar samt data från observations- och interventionsstudier som pågår inom projektet. Bland de sjukdomar som ingår finns inflammatoriska tarmsjukdomar, systemisk lupus erythematosus (SLE) och astma. Arbetet kommer att fokusera på SLE. Anställningen är en 12 månaders visstidsanställning.
Vem är du?
En person med kunskaper inom bioinformatik och biostatistik med dokumenterad erfarenhet, med kunskaper inom skriptskrivning, användning av R och Python. Det ses som en fördel om du har en doktorsexamen, men det är inte ett absolut krav.

Kunskap om analys och hantering av transkriptomdata och/eller analyser av mikrobiomdata är en viktig fördel, särskilt användningen av sådana data vid autoimmuna sjukdomar eller andra komplexa sjukdomar. Erfarenhet av maskininlärning är också önskvärt. Erfarenhet av scRNASeq-data är mycket värdefull. Dekonvolution av celldata samt programmering och skriptskrivning är också värdefullt.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.

Ansökan ska innehålla följande dokument på engelska eller svenska:

Ett fullständigt CV, inklusive datum för disputation, om tillämpligt, avhandlingens titel, tidigare akademiska eller icke-akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser och kommittéarbete. En fullständig förteckning över publikationer som visar erfarenheten. En sammanfattning av nuvarande arbete (högst en sida) och namn på referenser.
Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss